ดร. คริส ซูโมกิล เป็นประธานาธิบดีเมื่อ พ.ศ. 2497 ซึ่งเป็นผู้นำกองโจรต่อสู้กับอินโดนีเซียที่เจรัม เขาถูกทหารอินโดนีเซียจับกุมเมื่อ 2 ธันวาคม พ.ศ. 2505 และถูกประหารชีวิตในสมัยที่ซูฮาร์โตเป็นประธานาธิบดีเมื่อ 12 เมษายน พ.ศ. 2509

รัฐบาลพลัดถิ่นยังคงอยู่โดย ประธานาธิบดีพลัดถิ่นคนแรกคือ โจฮัน มานูซามา (พ.ศ. 2509 – 2536) ฟรานส์ ตาตูฮานูเนวา ดำรงตำแหน่งประมุขรัฐต่อมา (พ.ศ. 2536 – 2553) โดยไม่มีการก่อความรุนแรงในเนเธอร์แลนด์และอินโดนีเซีย ประธานาธิบดีพลัดถิ่นกล่าวว่าคนรุ่นใหม่ควรมองไปที่การศึกษาและให้โอกาสพัฒนาในเนเธอร์แลนด์ถ้าพวกเขาต้องการ และให้สนับสนุนและพัฒนาโมลุกกะใต้ตามศักยภาพ ทูตอินโดนีเซียในเนเธอร์แลนด์ จูนุส เอฟเฟนดี ฮาบิบี กล่าวว่ายินดีต้อนรับชาวโมลุกกะกลับสู่บ้านเกิดหากพวกเขาหยุดเรียกร้องเอกราช[9][10]

จอห์น วัตตีเลเต เป็นประธานาธิบดีตั้งแต่เดือนเมษายน พ.ศ. 2553 เขาเป็นคนแรกที่มาจากชาวโมลุกกะรุ่นที่ 2 ในเนเธอร์แลนด์และมีท่าทีอ่อนกว่า อย่างไรก็ตาม เมื่อประธานาธิบดีอินโดนีเซีย ยุดโดโยโน มีแผนจะเดินทางไปเยือนเนเธอร์แลนด์ ได้ขอให้เนเธอร์แลนด์จับกุมวัตตีเลเตทันทีที่ไปถึง เมื่อเนเธอร์แลนด์ปฏิเสธจึงงดการไปเยือน