สาธารณรัฐโมลุกกะใต้ (อินโดนีเซีย: Republik Maluku Selatan, RMS; ดัตช์: Republiek der Zuid-Molukken) เป็นสาธารณรัฐที่ประกาศปกครองตนเองในหมู่เกาะโมลุกกะเมื่อ 25 เมษายน พ.ศ. 2493 เกาะหลักได้แก่เซรัม อัมบน และบูรู สาธารณรัฐบนเกาะอัมบนพ่ายแพ้กองทัพอินโดนีเซียเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2493 การต่อสู้ด้วยอาวุธยังคงเกิดขึ้นต่อไปบนเกาะเซรัมจนถึงเดือนธันวาคม พ.ศ. 2506 การพ่ายแพ้บนเกาะอัมบนทำให้รัฐบาลของสาธารณรัฐย้ายมาที่เซรัมและต่อมาได้กลายเป็นรัฐบาลพลัดถิ่นในเนเธอร์แลนด์ใน พ.ศ. 2509 ดร. คริส เซาโมกิล ผู้นำการต่อต้าน ถูกกองทัพอินโดนีเซียจับกุมและประหารเมื่อ พ.ศ. 2509 รัฐบาลพลัดถิ่นยังคงอยู่ โดยโจน วัตตีเลเตอ ทนายความเป็นประมุขรัฐตั้งแต่เดือนเมษายน พ.ศ. 2553 หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว[1] ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์