กองกำลังหลักของกองทัพโมลุกกะใต้ที่อัมบนพ่ายแพ้ต่ออินโดนีเซียเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2493 มีการต่อสู้แบบกองโจรอีกเล็กน้อยที่เจรัมจนถึง พ.ศ. 2505 การพ่ายแพ้ที่อัมบนทำให้รัฐบาลสาธารณรัฐหลบหนีออกไปจากเกาะและจัดตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นในเนเธอร์แลนด์[8] ทหาร 12,000 และครอบครัวย้ายถิ่นไปเนเธอร์แลนด์ ในระหว่างที่เป็นรัฐบาลพลัดถิ่น สาธารณรัฐได้โจมตีเนเธอร์แลนด์ด้วยการก่อการร้าย เริ่มครั้งแรกใน พ.ศ. 2513 ที่สถานทูตอินโดนีเซีย มีตำรวจชาวดัตช์ถูกยิงเสียชีวิต มีการโจมตีขบวนรถไฟใน พ.ศ. 2518 และ 2520 การโจมตีครั้งสุดท้าย เกิดขึ้นใน พ.ศ. 2521