นอกจากจะเข้าร่วมในสงครามอินโดจีนโดยอยู่ฝ่ายตรงข้ามกับกลุ่มที่นิยมสมเด็จพระนโรดม สีหนุ พรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชา และเวียดนามเหนือแล้ว สาธารณรัฐเขมรยังมีความขัดแย้งกันภายในรัฐบาล ความโดดเด่นทางการเมืองขอสมเด็จงพระนโรดม สีหนุในช่วง พ.ศ. 2493 – 2513 แสดงถึงความเป็นนักการเมืองที่จัดเจนของพระองค์ ในช่วงเริ่มต้น ฝ่ายสาธารณรัฐมีการแบ่งกลุ่มกันภายในเพื่อต่อสู้กับระบอบสีหนุคือฝ่ายของลน นล กับฝ่ายของนักองค์ราชวงศ์สีสุวัตถิ์ สิริมตะ นักองค์ราชวงศ์สีสุวัตถิ์ สิริมตะเป็นนายกรัฐมนตรีในปีแรกเนื่องจากลน นล มีปัญหาทางด้านสุขภาพ บทบาทของเจ้าสิริมตะมีความโดดเด่นเนื่องจากรูปแบบการบริหารงานและการเป็นเชื้อพระวงศ์ ความนิยมเพิ่มขึ้นในกลุ่มคนหนุ่มสาว และคนในเขตเมือง[8] แม้ว่ายังคงมีการฉ้อราษฎร์บังหลวงที่ทำให้รัฐบาลอ่อนแอ เมื่อลน นลเดินทางกลับมาจากการรักษาตัวที่ฮาวายในเดือนเมษายน พ.ศ. 2514 ได้เกิดความขัดแย้งอย่างรุนแรงในรัฐบาล โดยเฉพาะกับลน นน น้องชายของลน นลที่มีบทบาทมากในกองทัพ ในวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2514 ลน นลเข้าครอบงำสภาแห่งชาติในการเขียนรัฐธรรมนูญใหม่

พ.ศ. 2515: การกำจัดนักองค์ราชวงศ์ สีสุวัตถิ์ สิริมตะ

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2515 ลน นลและน้องชายได้กำจัดนักองค์ราชวงศ์ สีสุวัตถิ์ สิริมตะ ให้พ้นจากอำนาจ ลน นนจัดให้นักศึกษาสายอาชีพออกมาเรียกร้องให้เจ้าะสิริมตะลาออก[9] ในที่สุดเจ้าสิริมตะจึงถูกกักบริเวณ[10] ลน นลก้าวขึ้นเป็นประมุขของประเทศ เจง เฮงเข้ามามีบทบาทในรัฐบาลและเซิง งอกทัญ ซึ่งเป็นผู้นำของเขมรเสรีและกองทัพจากขแมร์กรอมเป็นนายกรัฐมนตรี[11] มีกองทัพของสหรัฐฯ ให้การสนับสนุน[12]

ปลายปีนั้น ลน นลประกาศลงสมัครเป็นประธานาธิบดี อิน ตัม และแก้ว อัน ไม่เพียงแต่จะประกาศลงสมัครรับเลือกตั้ง แต่ยังไม่ยอมถอนตัวอีกด้วย[13] การเลือกตั้งสิ้นสุดลงโดยลน นล เป็นฝ่ายชนะ โดยมีการแทรกแซงของรัฐบาล ซึ่งหากดำเนินไปโดยยุติธรรมแล้ว อิน ตัมน่าจะเป็นผู้ชนะ.[13]

สถานการณ์ทางการเมืองยังคงวุ่นวายตลอดปี พ.ศ. 2515 พรรคการเมืองฝ่ายตรงข้ามทั้งสองพรรคคือกรมประชาธิปไตยของอิน ตัม และพรรคสาธารณรัฐของเจ้าสิริมตะปฏิเสธการเข้าร่วมการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรในเดือนกันยายน ทำให้พรรคสาธารณรัฐสังคมนิยมของลน นน ชนะอย่างถล่มทลาย เกิดการก่อการร้ายในเมืองหลวงซึ่งคาดว่าเกิดจากการควบคุมของเซิง งอกทัญ[14] ทำให้ทัญที่เพิ่งจะประกาศปิดหนังสือพิมพ์ของเจ้าสิริมตะต้องลาออกและลี้ภัยไปเวียดนามใต้ ฮาง ทุน ฮัก นักการเมืองฝ่ายซ้ายขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรี[15] ในขณะที่รัฐบาลสาธารณรัฐเขมรอ่อนแอจากความขัดแย้งภายใน กองทัพของเวียดนามเหนือที่รบชนะในปฏิบัติการเจนละได้เข้ามาครอบงำในพื้นที่ตามแนวชายแดนกัมพูชา ทำให้พรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาเข้มแข็งขึ้นในเขตชนบท

พ.ศ. 2516: การเจรจาสงบศึก

ข้อตกลงสันติภาพปารีสเมื่อต้นปี พ.ศ. 2516 ทำให้สงครามกลางเมืองชะงักไประยะหนึ่ง ลน นล ประกาศสงบศึกฝ่ายเดียว แม้ว่ากองทัพของฝ่ายสาธารณรัฐอ่อนแอเต็มที จริง ๆ แล้วมีการติดต่อกันเพียงเล็กน้อยระหว่างฝ่ายสาธารณรัฐกับฝ่ายเขมรแดงหัวก้าวหน้าคือ ฮู ยวน เวียดนามเหนือกดดันให้พรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชายอมรับข้อตกลงสันติภาพ ในขณะที่ยังมีการสู้รบกันบ้างประปราย ผู้นำของเขมรแดงไม่ยอมรับการประนีประนอม

การสู้รบเกิดขึ้นอีกครั้งเมื่อ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2516 เมื่อกองกำลังฝ่ายคอมมิวนิสต์โจมตีฝ่ายสาธารณรัฐที่จังหวัดกำปงธม[14] ในเดือนเมษายน กองทัพฝ่ายสาธารณรัฐพ่ายแพ้และเสียฐานที่มั่นในต่างจังหวัด สหรัฐฯ ตัดความช่วยเหลือรัฐบาลของลน นล และพยายามดึงนักงองค์ราชวงศ์ สีสุวัตถิ์ สิริมตะให้เข้ามามีบทบาท และลดบทบาทของลน นน ลง[16] ในวันที่ 24 เมษายน ลน นล ประกาศจัดตั้งรัฐบาลแห่งชาติซึ่งประกอบด้วยลน นล, เจ้าสิริมตะ, เจง เฮง และอิน ตัม ความโกรธแค้นสหรัฐอเมริกาที่มาทิ้งระเบิดในกัมพูชาทำให้เขมรแดงได้รับความนิยมมากขึ้น

พ.ศ. 2517: อุดงแตก

ช่วงต้นปี พ.ศ. 2517 ลน นลขึ้นมากุมอำนาจแต่เพียงผู้เดียวอีกครั้ง สถานการณ์ทางทหารเลวร้ายลง กองทัพคอมมิวนิสต์บุกเข้าประชิดพนมเปญและเข้ายึดอุดงค์เมืองหลวงเก่าได้ในเดือนมีนาคม ฝ่ายคอมมิวนิสต์ฆ่าเจ้าหน้าที่ของรัฐและครู เผาเมือง แต่ในที่สุดฝ่ายสาธารณรัฐสามารถเข้ายึดเมืองอุดงค์และเส้นทางเข้าสู่ทะเลสาบเขมรคืนมาได้

สิ้นสุดอำนาจ

ในช่วงฤดูแล้ง พ.ศ. 2518 กองกำลังเขมรแดงได้ยกเข้ามาล้อมพนมเปญไว้ มีผู้อพยพเข้าในเมืองหลวงมากขึ้น ลน นลได้สั่งให้ส่งเฮลิคอปเตอร์ไปคุ้มกันประชาชนเหล่านั้น การได้รับการสนับสนุนจากจีนทำให้ฝ่ายเขมรแดงมีความเข้มแข็งมากกว่า การพยายามเจรจาสันติภาพล้มเหลวเพราะสีหนุปฏิเสธที่จะเจรจากับลน นลโดยตรง แผนสันติภาพที่ฝรั่งเศสเสนอต่อจีนให้สีหนุกลับไปเป็นประมุขของสาธารณรัฐเขมรล้มเหลวเช่นกัน

ในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2518 ลน นล ได้ประกาศลาออกและลี้ภัยออกนอกประเทศ กองทัพฝ่ายสาธารณรัฐสลายตัวไป เจ้าสิริมตะ, ลอง โบเรต, ลน นน และนักการเมืองอื่น ๆ ยังคงอยู่ในเมืองหลวงเพื่อจะพยายามเจรจาสงบศึกกับฝ่ายเขมรแดง จนกระทั่งเมื่อพนมเปญแตกในวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2518 ฝ่ายเขมรแดงได้ประหารชีวิตนักการเมืองในระบอบเก่าทั้งหมด สาธารณรัฐเขมรจึงล่มสลายลง บริเวณสุดท้ายที่อยู่ภายใต้อำนาจของฝ่ายสาธารณรัฐเขมรคือบริเวณปราสาทเขาพระวิหารบนเทือกเขาพนมดงรัก ซึ่งกองทัพฝ่ายสาธารณรัฐสามารถยึดครองไว้ได้ในปลายเดือนเมษายน พ.ศ. 2518.[17] และฝ่ายเขมรแดงแย่งชิงมาได้เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2518