สำนักข่าวกรองกลางมีสำนักงานบริหารและ 5 กองอำนวยการหลัก คือ:

• กองอำนวยการนวัตกรรมดิจิตอล
• กองอำนวยการการวิเคราะห์
• กองอำนวยการการปฏิบัติการณ์
• กองอำนวยการสนับสนุน
• กองอำนวยการวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

สำนักงานบริหาร

ผู้อำนวยการสำนักข่าวกรองกลางรายงานโดยตรงต่อผู้อำนวยการข่าวกรองแห่งชาติ ในทางปฏิบัติแล้วผู้อำนวยการสำนักข่าวกรองกลางเป็นเพียงผู้ติดต่อกับผู้อำนวยการข่าวกรองแห่งชาติ รัฐสภาสหรัฐ และ ทำเนียบขาว ในขณะที่รองผู้อำนวยการเป็นผู้บริหารภายในของสำนักข่าวกรองกลาง

สำนักงานบริหารยังมีหน้าที่สนับสนุน กองทัพสหรัฐ ในการให้ข้อมูลที่ได้รวบรวมมาหรือได้มาจากหน่วยงานข่าวกรองทางทหาร และร่วมมือในการปฏิบัติการณ์ภาคสนาม ผู้อำนวยการบริหารมีหน้าที่คุมการปฏิบัติการณ์ของสำนักข่าวกรองกลางวันต่อวัน แต่ละสาขาของหน่วยงานราชการทางทหารมีผู้อำนวยการเป็นของตนเอง ผู้อำนวยการช่วยว่าการกิจการทางทหารหรือเจ้าหน้าที่ทางทหารอาวุโส มีหน้าที่ในการจัดการความสัมพันธ์ระหว่างสำนักข่าวกรองกลางและกองสั่งการการรบร่วม (อังกฤษ: Unified Combatant Command; UCC) ซี่งเป็นผู้หาข่าวกรองในระดับภูมิภาค/การปฏิบัติการณ์ และใช้ข่าวกรองในระดับชาติที่สำนักข่าวกรองกลางเป็นผู้หา

กองอำนวยการการวิเคราะห์

กองอำนวยการนี้มี 4 กลุ่มวิเคราะห์ระดับภูมิภาค 6 กลุ่มสำหรับการจัดการปํญหาข้ามชาติ และ 3 กลุ่มที่เน้นไปในเรื่องนโยบาย การรวมรวบและการสนับสนุนบุคลากร โดยมีสำนักงานที่ทำงานอย่างหนักใน อิรัก , สำนักงานวิเคราะห์ระดับภูมิภาคครอบคลุม ตะวันออกใกล้ และ เอเชียใต้ , สำนักงาน ประเทศรัสเซีย และ ทวีปยุโรป , สำนักงาน เอเชียแปซิฟิก ลาตินอเมริกา และ ทวีปแอฟริกา

กองอำนวยการการปฏิบัติการณ์

กองอำนวยการการปฏิบัติการณ์มีหน้าที่รวบรวมข่าวกรองต่างประเทศ (โดยส่วนใหญ่มาจากแหล่งข่าวกรองทางมนุษย์ที่เป็นความลับ) และการปฏิบัติการณ์ซ่อนเร้น ชื่อของกองอำนวยการสะท้อนถึงหน้าที่ในการประสานงานในการปฏิบัติการณ์ด้านข่าวกรองทางมนุษย์ระหว่างสำนักข่าวกรองกลางและหน่วยงานอื่นๆภายในชุมชนข่าวกรองสหรัฐฯ ซึ่งมีการปฏิบัติการณืด้านข่าวกรองทางมนุษย์เป็นของตนเอง กองอำนวยการนี้ถูกก่อตั้งขึ้นมาในความพยายามจบปีแห่งการแข่งขันในด้านอิทธิพล ปรัชญาและงบประมาณระหว่าง กระทรวงกลาโหมสหรัฐ และสำนักข่าวกรองกลาง ซึ่งเมื่อไม่นานมานี้กระทรวงกลาโหมสหรัฐฯก็ได้จัดตั้งหน่วยงานราชการด้านข่าวกรองลับระดับโลก ชือ หน่วยงานราชการลับกลาโหม (อังกฤษ: Defense Clandestine Service; DCS) ภายใต้องค์กรข่าวกรองกลาโหม (อังกฤษ: Defense Intelligence Agency; DIA)

กองอำนวยการวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

กองอำนวยการวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีที่ก่อตั้งขึ้นมาเพื่อการวิจัย สร้าง และจัดการอุปกรณ์ในการรวบรวมข่าวกรองให้มีประสิทธิภาพ หลายๆนวัตกรรมของสำนักข่าวกรองกลางได้ถูกแพร่ไปยังองค์กรข่าวกรองอื่นๆด้วย หรือไม่ก็เปิดเผยให้กับหน่วยงานราชการทางทหาร

ยกตัวอย่างเช่น การพัฒนาเครื่องบินสอดแนมระดับความสูง-สูง ล็อกฮีด ยู-2 ได้สำเร็จร่วมกับกองทัพอากาศสหรัฐฯ ซึ่งภารกิจดั้งเดิมของมันก็คือ การหาข่าวกรองทางรูปภาพ (อังกฤษ: Imagery Intelligence; IMINT) อย่างลับๆเหนือพื้นที่ต้องห้าม เช่น สหภาพโซเวียต ต่อมาก็ได้มีหน้าที่หาข่าวกรองทางสัญญาณ (อังกฤษ: Signal Intelligence; SIGINT) , ข่าวกรองทางการวัดและลักษณะเฉพาะ (อังกฤษ: Measurement and Signature Intelligence; MASINT) และในตอนนี้ก็ได้ปฏิบัติการณ์ภายใต้กองทัพอากาศสหรัฐ

กองอำนวยการสนับสนุน

กองอำนวยการสนับสนุนมีโครงสร้างและหน้าที่การจัดการหน่วยที่สำคัญ ดังนี้:

• สำนักงานการรักษาความปลอดภัย
• สำนักงานการสื่อสาร
• สำนักงานเทคโนโลยีสารสนเทศ