คณะกรรมการติดตามและตรวจสอบการใช้จ่ายงบประมาณภาครัฐ ได้แจ้งจุดประสงค์ที่จะตรวจสอบการทุจริตส่งผลให้ ทพ.กฤษดา เรืองอารีย์รัชต์ เปิดแถลงข่าวเพื่อประกาศลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการ สสส. โดยจะยื่นหนังสือลาออกให้กับคณะกรรมการ สสส. ที่มี พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีเป็นประธานโดยตำแหน่ง[7] ต่อมามีการเปลี่ยนแปลงคณะกรรมการใหม่ทั้งหมดจำนวน 7 ราย ในวันที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2558 [8]

• รองศาสตราจารย์ วรากรณ์ สามโกเศศ ประธานกรรมการ
• รองศาสตราจารย์ ปาริชาติ วลัยเสถียร กรรมการ
• รองศาสตราจารย์ นภาภรณ์ หะวานนท์ กรรมการ
• นายกิติศักดิ์ สินธุวนิช กรรมการ
• ศาสตราจารย์ วรภัทร โตธนะเกษม กรรมการ
• นายมนัส แจ่มเวหา กรรมการ

ต่อมามีการคำสั่งให้กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ จำนวน 7 รายพ้นสภาพจากตำแหน่ง ตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 1/2559[9]

• นายแพทย์ วิชัย โชควิวัฒน
• นายสงกรานต์ ภาคโชคดี
• นายเอ็นนู ชื่อสุวรรณ
• นายยงยุทธ วงศ์ภิรมย์ศานติ์
• นายสมพร ใช้บางยาง
• รองศาสตราจารย์ประภาภัทร นิยม[10]
• นายวิเชียร พงศธร

ทั้งหมดพ้นสภาพในวันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2559