ลักษณะกายภาพบริเวณพื้นที่สุสานบ้านพรุ เป็นที่ราบเชิงเขาของแอ่งหาดใหญ่ โดยมีลักษณะค่อย ๆ ลาดต่ำจากทางฝั่งตะวันออกซึ่งเป็นภูเขาเตี้ย ลงไปทางทิศตะวันตกที่เป็นที่ต่ำกว่า จนจดคลองอู่ตะเภา มีความสูงเหนือระดับน้ำทะเลประมาณ 13.00 เมตร และสูงสุดประมาณ 56.00 เมตร ด้วยเหตุนี้ทางฝั่งทิศตะวันตกของสุสานจึงเป็นจุดที่สามารถเห็นทัศนียภาพแนวเทือกเขาฝั่งตรงข้ามได้อย่างชัดเจนตามภูมิลักษณะในรูปแบบแอ่ง นอกจากนี้ยังสามารถมองเห็นอาคารสูงจากตัวเมืองหาดใหญ่ชั้นในทางทิศเหนือได้อีกด้วย

ด้วยระยะทางจากสุสานที่ห่างจากคลองอู่ตะเภากว่า 1.85 กิโลเมตร รวมถึงความสูงของภูมิลักาณะบริเวณพื้นที่สุสาน ทำให้ไม่ได้รับผลกระทบน้ำท่วมหลากจากคลองอู่ตะเภา[5] สอดคล้องกับการวางสุสานตามหลักชัยภูมิฮวงจุ้ย ที่กล่าวว่าพื้นที่สุสานน้ำต้องไม่ท่วมถึง เนื่องจากจะทำให้ศพในโลงศพเน่าเปื่อยได้ ส่งผลกระทบต่อบรรพชน