สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ก่อตั้งในปี 2486 โดยเริ่มต้นส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลระดับสมัครเล่นที่จัดขึ้นโดย สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในรายการ ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. และได้เลื่อนขึ้นมาแข่งขันในประเภท ค. และ ประเภท ข. รวมไปถึงการแข่งขันฟุตบอลระดับอุดมศึกษาตามลำดับ

จนกระทั่งสโมสรได้เข้ามาสู่การแข่งขันในระบบฟุตบอลลีกของประเทศไทยเป็นครั้งแรก เมื่อสามารถคว้าอันดับที่ 3 ได้ในการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2543 และได้สิทธิเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นใน ฤดูกาล 2544/45 [1] ก่อนจะตกชั้นเป็นครั้งแรกเมื่อจบการแข่งขัน ฤดูกาล 2549

ใน ฤดูกาล 2550 สโมสรลงแข่งขันในดิวิชั่น 2 และทำผลงานได้อย่างย่ำแย่จนได้อันดับสุดท้ายของตารางคะแนน จนต้องตกชั้นออกจากระบบฟุตบอลลีก กลับไปแข่งขันในฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. อีกครั้ง โดยนับเป็นการตกชั้นถึง 2 ครั้งติดต่อกันของสโมสร

ในปี 2551 สโมสรสามารถคว้าแชมป์ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. และกลับขึ้นมาสู่ดิวิชั่น 2 ได้สำเร็จ จนกระทั่งในปี 2554 สโมสรได้ตำแหน่งชนะเลิศ ลีกภูมิภาค 2554 โซนกรุงเทพมหานครและปริมณฑล โดยการนำทีมของ พนิพล เกิดแย้ม หัวหน้าผู้ฝึกสอนที่เคยนำสโมสร คว้าตำแหน่งชนะเลิศ ถ้วย ข. ได้สำเร็จเมื่อปี 2551 (โดยเป็นโค้ชร่วมกับ ภานุพงษ์ ฉิมผูก) แต่ผลงานในรอบแชมเปี้ยนส์ ลีก กลับไม่ดี โดยจบอันดับสุดท้ายมี 5 คะแนน จาก 10 ไม่ได้สิทธิ์เลื่อนชั้น จากนั้นอีกสองปีต่อมา สโมสรได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ ลีกภูมิภาค 2556 โซนกรุงเทพมหานครและปริมณฑล ได้เข้าไปเล่นในรอบแชมเปี้ยนส์ ลีก โดยในปีนี้ ผู้ฝึกสอนเป็น ชูศักดิ์ ศรีภูมิ และมีโอกาสที่จะได้เลื่อนชั้นอีกครั้ง แต่ไม่สำเร็จ โดยมี 12 คะแนน จาก 10 นัด ต่อมา สโมสรได้ขอพักทีมไปในปี 2557 และกลับมาเข้าร่วมแข่งขันอีกครั้งในปี ลีกภูมิภาค 2558 โดยได้ เทเวศน์ กมลศิลป์ เป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอน ซึ่งในปีนั้น สโมสรจบอันดับ 5 ของการแข่งขัน

ฤดูกาล 2559 สโมสร ทำผลงานได้ดี โดยสามารถจบฤดูกาลปกติด้วยตำแหน่งชนะเลิศของโซนกรุงเทพมหานครและปริมณฑล และได้เข้าไปเล่นรอบแชมเปี้ยนส์ ลีก เป็นครั้งที่สาม โดยในฤดูกาลนั้น สืบเนื่องจาก สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ได้มีมติให้ยุติการแข่งขันฟุตบอลทุกรายการภายในประเทศเพื่อถวายความไว้อาลัย จึงได้มีการจับสลากเพื่อหา 3 สโมสรที่ได้เลื่อนชั้นสู่ ดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2560[2] โดยผลการจับสลากเป็นสโมสร ที่ได้อันดับที่สาม ได้สิทธิ์เลื่อนชั้นไปแข่งขันได้สำเร็จ

• ประวัติสัญลักษณ์ของสโมสร
• ใช้ถึงปี 2552
• 2553
• 2554-ปัจจุบัน