หน่วยทางทหาร[1] หรือ องค์การทหาร[1] (อังกฤษ: military organization หรือ military organisation) คือการจัดโครงสร้างกองทัพของรัฐเพื่อให้มีขีดความสามารถทางทหาร (military capability) ให้เป็นไปตามนโยบายการป้องกันประเทศที่ได้กำหนดไว้ ในบางประเทศ กองกำลังกึ่งทหารอาจจะถูกรวมอยู่ในกองทัพของประเทศด้วย แม้ว่าจะไม่ถือว่าเป็นทหารก็ตาม กองทัพที่ไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของหน่วยทางทหารหรือกำลังกึ่งทหาร เช่น กองกำลังผู้ก่อความไม่สงบ มักจะเลียบแบบการจัดหน่วยทางทหาร หรือใช้โครงสร้างเหล่านี้ ในขณะที่หน่วยทางทหารที่เป็นทางการจะใช้รูปแบบการจัดหน่วยตามลำดับชั้น