ขนของหมาป่าไคโยตีมีอยู่หลายสี ข้างบนมีตั้งแต่สีน้ำตาลอมเทาจนถึงสีเทาอมเหลือง ส่วนตรงลำคอและท้องมักมีน้ำตาลเหลือง หรือ สีขาว ขาหน้า ข้างหัว ปาก และ ตีน มักมีสีน้ำตาลอมแดง ขนสั้นตรงหลังมักมีสีเหลืองเข้ม ปลายสีดำ ซึ่งทำให้มีลายสีดำกลางหลัง ไหล่มักมีสีเข้มเป็นเส้นขวาง ต่อมกลิ่นอยู่ตรงปลายหางมักเป็นสีดำ หมาป่าไคโยตีสลัดขนปีละครั้ง โดยเริ่มจากเดือนพฤษภาคม ซึ่งเป็นช่วงที่สลัดขนบาง จนกระทั่งถึงเดือนกรกฎาคม ซึ่งเป็นช่วงที่สลัดขนมากกว่า หมาป่าไคโยตีมีหูขนาดใหญ่เมื่อเปรียบเทียบกับขนาดของหัว ส่วนตีนมีขนาดเล็กเมื่อเปรียบเทียบกับขนาดของลำตัว[3]นักวิชาการหลายคนสังเกตว่ากระดูกหุ้มสมองของหมาป่าไคโยตีมีขนาดที่ใกล้เคียงกระดูกหุ้มสมองของหมาบ้านมากกว่ากระดูกหุ้มสมองของหมาป่า หมาป่าไคโยตีที่อาศัยอยู่ตามภูเขามักมีขนที่สีเข้มว่าหมาป่าไคโยตีที่อาศัยอยู่ตามทะเลทราย[4]

หมาป่าไคโยตีมีลำตัวยาวประมาณ 76–86 เซนติเมตร โดยไม่รวมหางซึ่งยาวประมาณ 30–41 เซนติเมตร ยืนสูงประมาณ 58–66 เซนติเมตร โดยวัดจากตีนถึงไหล่ มีน้ำหนักประมาณ 6.8–20.9 กิโลกรัม[5][6] หมาป่าไคโยตีพันธุ์ภาคเหนือมักตัวใหญ่กว่าหมาป่าไคโยตีพันธุ์ภาคใต้ โดยมีน้ำหนักหนักสุดคือ 33.91 กิโลกรัม ความยาวทั้งสิ้น 1.75 เมตร [7][8]