ความต้องการพลังงานของเซลล์เป็นปัจจัยสำคัญในการควบคุมปฏิกิริยาฟอสโฟรีเลชั่น อัตราการหายใจจะถูกควบคุมด้วยปริมาณ ADP ถ้า ADP สูง อัตราการหายใจและการเกิดปฏิกิริยาฟอสโฟรีเลชั่นจะสูง เมื่อปริมาณ ATP สูง อัตราการเกิดปฏิกิริยาจะต่ำลง เพราะจะสร้าง ATP เท่าที่จำเป็นต้องใช้เท่านั้น ในเซลล์บางชนิดจะนำพลังงานที่ได้จากการไหลกลับของโปรตรอนไปสร้างความร้อน ไม่ได้นำไปสร้าง ATP เช่นเซลล์ในเนื้อเยื่อไขมันที่มีไมโทคอนเดรียมาก ซึ่งเรียกว่า brown fat เพราะจะเห็นเนื้อเยื่อที่มีเซลล์ชนิดนี้อยู่เป็นสีน้ำตาล ความร้อนที่ได้นี้จะนำไปใช้สร้างความอบอุ่นให้แก่ร่างกาย