การขนส่งอิเล็กตรอนในไมโทคอนเดรียเป็นการส่งอิเล็กตรอนเป็นลำดับผ่านตัวรับอิเล็กตรอนต่างๆกันที่อยู่ที่เยื่อหุ้มชั้นในของไมโทคอนเดรีย ตัวรับอิเล็กตรอนเหล่านี้เป็นเอนไซม์หลายตัวที่ทำงานอยู่ด้วยกันเป็นกลุ่ม (complex) ที่สำคัญมี 4 กลุ่มคือ

• complex I เป็นเอนไซม์ขนาดใหญ่ รับผิดชอบ 2 ปฏิกิริยาคือ รับอิเล็กตรอนจาก NADH + H+ และส่งอิเล็กตรอนต่อให้ยูบิควิโนนซึ่งยูบิควิโนนจะส่งอิเล็กตรอนต่อให้ เอนไซม์กลุ่มที่ 3 และขับ H+ จากแมกตริกซ์เข้าสู่ช่องว่างระหว่างเยื่อหุ้มชั้นนอกและเยื่อหุ้มชั้นใน
• complex II เป็นเอนไซม์ในวัฏจักรเครบส์เพียงตัวเดียวที่ยึดติดกับเยื่อหุ้ม โดยกลุ่มเอนไซม์นี้จะรับอิเล็กตรอนจาก FADH2 และส่งต่อไปให้กลุ้มเอนไซม์ที่ 3 ต่อไป โดยไม่มีการขับ H+ เข้าสู่ช่องว่างระหว่างเยื่อหุ้ม
• complex III กลุ่มเอนไซม์นี้ทำหน้าที่ในการรับอิเล็กตรอนจาก ยูบิควิโนนแล้วส่งต่อให้ไซโตโครมซี ซึ่งไซโตโครมซีจะนำอิเล็กตรอนไปส่งให้กลุ่มเอนไซม์ที่ 4 ต่อไป โดยที่กลุ่มเอนไซม์นี้จะมีการขับ H+ เข้าสู่ช่องว่างระหว่างเยื่อหุ้มด้วย
• complex IV รับอิเล็กตรอนจากไซโตโครม ซีแล้วส่งให้ออกซิเจนได้เป็นน้ำ การทำงานของเอนไซม์กลุ่มนี้จะขับ H+ เข้าสู่ช่องว่างระหว่างเยื่อหุ้ม