การแทนที่ที่ดินเพาะปลูกพืชผลทางการเกษตรด้วยแผงเซลล์แสงอาทิตย์เป็นปัจจัยสำคัญที่มักถูกอ้างเป็นข้อเสียของระบบโฟโตวอลเทอิก[6][21] ที่ดินเพาะปลูกเป็นที่ดินชนิดที่แผงเซลล์แสงอาทิตย์มีประสิทธิภาพมากที่สุด[6] แม้ระบบอะกริวอลเทอิกส์จะทำให้สามารถใช้ประโยชน์ทางเกษตรบนพื้นที่ของโรงผลิตไฟฟ้าพลังแสงอาทิตย์ได้ แต่ก็จะทำให้มีผลผลิตปริมาณที่ต่ำลง[21] อย่างไรก็ตามปริมาณผลผลิตพืชเกษตรบางชนิดในบางกรณีกลับไม่ได้รับผลกระทบจากร่มเงา ตัวอย่างเช่นผักกาดหอมในรัฐแคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา[1][6] แต่การติดตั้งระบบก็จะกินพื้นที่ใช้สอยไปกับโครงสร้างที่ใช้ติดตั้งและอุปกรณ์ต่าง ๆ[21]

ระบบอะกริวอลเทอิกส์จะใช้งานได้ดีกับพืชที่ต้องการร่มเงาและในที่ที่แสงอาทิตย์ไม่ได้เป็นข้อจำกัดเท่านั้น พืชเกษตรทนร่มเป็นเพียงส่วนเล็กของผลผลิตการเกษตร[1] ตัวอย่างเช่น ข้าวสาลีไม่สามารถเติบโตได้ดีในสภาพแวดล้อมที่ได้รับแสงน้อย และจึงไม่เหมาะสมกับระบบอะกริวอลเทอิกส์[1] การจำลองสถานการณ์ของระบบอะกริวอลเทอิกส์โดยดิเนชและคณะแสดงให้เห็นว่าผลิตภาพของพืชผลเกษตรที่ทนร่มและการผลิตไฟฟ้านั้นไม่ได้ลดลงอย่างมีนัยสำคัญ ทำให้สามารถผลิตทั้งสองสิ่งไปพร้อมกันได้ โดยได้ประมาณว่าผลผลิตของผักกาดหอมในระบบอะกริวอลเทอิกส์นั้นเทียบเท่ากับการทำไร่นารูปแบบทั่วไป[1]

จากงานศึกษางานหนึ่งที่จำลองเรือนกระจกที่ใช้ระบบอะกริวอลเทอิกส์ซึ่งมีหลังคาที่ติดตั้งแผงเซลล์แสงอาทิตย์ไว้ครึ่งหนึ่ง พบว่าระบบไม่มีประสิทธิภาพเนื่องจากผลผลิตของพืชลดลง 64% และผลิตภาพของแผงเซลล์แสงอาทิตย์ลดลง 84% [24]

วิทยานิพนธ์งานหนึ่งในปี ค.ศ. 2016 ได้คำนวนออกมาว่าระบบอะกริวอลเทอิกส์นั้นไม่สามารถทำกำไรได้ในประเทศเยอรมนี โดยจะขาดทุนถึง €80,000 ยูโรต่อเฮกตาร์ต่อปี ความสูญเสียเกิดจากระบบโฟโตวอลเทอิกซึ่งส่วนใหญ่มาจากค่าใช้จ่ายในการติดตั้งแผงเซลล์สุริยะบนเสาติดตั้งซึ่งมีความสูง วิทยานิพนธ์ยังได้คำนวณเงินอุดหนุนจากรัฐในรูปแบบของการรับซื้อไฟฟ้าจากพลังงานหมุนเวียน (feed-in tariff) ที่จะทำให้ระบบอะกริวอลเทอิกส์นั้นสามารถอยู่รอดทางเศรษฐกิจ และเป็นวิธีการที่ดีที่สุดที่จะโน้มน้าวให้นักลงทุนลงทุนกับโครงการแบบนี้ได้ โดยหากผู้เสียภาษีจ่ายค่าไฟฟ้าเพิ่มเติมอย่างน้อย €0.115 ยูโรต่อกิโลวัตต์ชั่วโมงจากราคาตลาด (€0.05 ในประเทศเยอรมนี) ให้แก่ผู้ผลิตแล้ว ก็จะทำให้โครงการในรูปแบบนี้เกิดขึ้นได้อีกในอนาคต[21]

การติดตั้งระบบอะกริวอลเทอิกส์ต้องการการลงทุนขนาดใหญ่สำหรับค่าแผงเซลล์แสงอาทิตย์ เครื่องจักรทำเกษตร และระบบไฟฟ้า ซึ่งทำให้มีค่าเบี้ยประกันที่ต้องจ่ายเพิ่ม และความเสี่ยงที่เครื่องจักรจะทำให้ระบบเสียหายนั้นก็ส่งผลให้ค่าประกันสูงกว่าแผงเซลล์แสงอาทิตย์รูปแบบธรรมดา ในประเทศเยอรมนี ค่าใช้จ่ายในการติดตั้งระบบที่สูงส่งผลให้เกษตรกรไม่สามารถจัดหาเงินทุนจากการกู้ยืมเพื่อการเกษตรแบบทั่วไปได้ ทว่าในอนาคตทางภาครัฐสามารถเข้ามาควบคุม เปลี่ยนแปลง และอุดหนุนเพื่อสร้างตลาดใหม่ให้นักลงทุนในโครงการเหล่านี้ เพื่อให้เกษตรกรมีโอกาสเข้าถึงแหล่งเงินทุนที่เปลี่ยนไปอย่างสิ้นเชิงในภายภาคหน้าได้[21] ในกลุ่มประเทศกำลังพัฒนา ที่ซึ่งแหล่งเงินทุนเป็นปัญหาใหญ่และโดยทั่วไปมีอัตราดอกเบี้ยเงินกู้เพื่อการเกษตรต่อปีประมาณ 9 ถึง 25 เปอร์เซ็นต์ การลงทุนในระบบอะกริวอลเทอิกส์เป็นเรื่องที่ไร้เหตุผลทางเศรษฐกิจสำหรับเกษตรกรส่วนใหญ่

ระบบโฟโตวอลเทอิกเป็นระบบที่มีเทคโนโลยีซับซ้อน หมายความว่าเกษตรกรจะไม่สามารถซ่อมแซมความเสียหายต่อระบบในบางกรณีได้ ทำให้จำเป็นต้องพึ่งพาผู้ที่มีความเชี่ยวชาญเฉพาะด้าน ในกรณีของประเทศเยอรมนี ค่าใช้จ่ายในการจ้างแรงงานสามารถเพิ่มขึ้นประมาณ 3 เปอร์เซ็นต์ ซึ่งเป็นผลจากระบบอะกริวอลเทอิกส์[21] หรืออีกด้านหนึ่ง แรงงานอาจเป็นปัญหาหลักในเศรษฐกิจที่มีค่าแรงสูงเช่นประเทศสหรัฐอเมริกา การเลี้ยงแกะไว้แทะเล็มหญ้ารอบ ๆ แผงเซลล์แสงอาทิตย์เป็นทางเลือกอีกทางหนึ่งที่เพิ่มการใช้งานเชิงเกษตรขึ้นให้กับแผงเซลล์แสงอาทิตย์ทั่วไป แต่ทรัพยากรมนุษย์ของคนเลี้ยงแกะอาจมีไม่เพียงพอ[20]

ในประเทศเกาหลีใต้ ประชากรท้องถิ่นได้กล่าวหาผู้สนับสนุนว่าโกหกเกี่ยวกับผลประโยชน์ทางสิ่งแวดล้อมของระบบโฟโตวอลเทอิก ว่าระบบนี้จะก่อให้เกิดมลพิษต่อบริเวณโดยรอบด้วยสารพิษภายในแผงเซลล์แสงอาทิตย์และสารเคมีที่ใช้ทำความสะอาดมัน ก่อให้เกิดมลภาวะทางแสงจากพื้นผิวที่สะท้อนแสงของแผงเซลล์แสงอาทิตย์ และอาจปล่อย "รังสีแม่เหล็กไฟฟ้า" ที่อาจเป็นอันตรายได้ ความขัดแย้งจากผู้อยู่อาศัยและการต่อต้านจากท้องถิ่นอาจส่งผลให้ราคาของระบบนั้นสูงเกินไปทั้งในด้านเงินตราและเวลาที่ต้องเสียไปกับคดีความต่าง ๆ [25]