ใน ค.ศ. 622 มุฮัมมัดสั่งให้มุสลิมอพยพไปยังมะดีนะฮ์ และหลังจากหลบหนีจากการลอบสังหาร อะบูบักร์ร่วมเดินทางกับมุฮัมมัดไปยังมะดีนะฮ์ เนื่องจากอันตรายจากพวกกุเรช พวกเขาจึงไม่ใช้ถนน แต่เดินทางไปทางตรงกันข้าม โดยหลบซ่อนในถ้ำที่ญะบัลเษาร์ ซึ่งห่างจากมักกะฮ์ทางตอนใต้ไป 5 ไมล์ อับดุลลอฮ์ อิบน์ อบีบักร์ ลูกชายของอะบูบักร์ จะฟังแผนและบทสนทนาของพวกกุเรช และในเวลากลางคืน เขาจะนำข่าวมาให้ผู้ลี้ภัยในถ้ำ อัสมา บินต์ อบีบักร์ ลูกสาวของอะบูบักร์ นำกับอาหารมาให้พวกเขาทุกวัน[27] อามิร บริวารของอะบูบักร์ จะนำฝูงแพะมาปากถ้ำทุกคืน เพื่อให้พวกเขาดื่มนม พวกกุเรชส่งพรรคพวกไปทุกที่ โดยกลุ่มหนึ่งมาใกล้ปากถ้ำ แต่ไม่เห็นพวกเขา ด้วยเหตุนี้ จึงมีการประทานอัลกุรอานโองการ 9:40

หลังอยู่ในถ้ำเป็นเวลาสามวันและสามคืน อะบูบักร์กับมุฮัมมัดเดินทางไปยังมะดีนะฮ์ โดยพักอาศัยชั่วคราวที่กุบาอ์

ชีวิตในมะดีนะฮ์

ในมะดีนะฮ์ ศาสดามุฮัมมัดตัดสินใจที่จะสร้างมัสยิด โดยอะบูบักร์เลือกและซื้อที่ดิน แล้วสร้างมัสยิดอันนะบะวี อะบูบักร์ ถูกจับคู่กับคอริญะฮ์ อิบน์ ซะอีด อันศอรี (ผู้มาจากมะดีนะฮ์) ในฐานะพี่น้องศาสนาเดียวกัน โดยทั้งคู่อาศัยที่ซุนฮ์ ชานเมืองมะดีนะฮ์ หลังจากครอบครัวอะบูบักร์มาที่มะดีนะฮ์ เขาจึงซื้อบ้านอีกหลังใกล้กับบ้านของมุฮัมมัด[28]

ในขณะที่สภาพภูมิอากาศของมักกะฮ์นั้นแล้ง สภาพภูมิอากาศของมะดีนะฮ์นั้นชื้น ทำให้ผู้อพยพส่วนใหญ่ป่วย รวมถึงอะบูบักร์ด้วย ที่มักกะฮ์ อะบูบักร์เคยเป็นพ่อค้าขายส่งผ้า และเขาเริ่มงานเดิมในมะดีนะฮ์ ต่อมากิจการของเขารุ่งเรือง ในช่วงต้น ค.ศ. 623 อาอิชะฮ์ ลูกสาวของอะบูบักร์ที่หมั้นกับมุฮัมมัด ได้แต่งงานแบบเรียบง่าย ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างอะบูบักร์กับมุฮัมมัดแข็งแรงขึ้น[29]