อะมิกดะลาเป็นส่วนในสมองที่มีความเข้าใจที่ดีที่สุดในเรื่องความแตกต่างกันระหว่างเพศ ความที่ผู้ชายมีอะมิกดะลาที่ใหญ่กว่าผู้หญิงปรากฏในเด็กอายุ 7-11 ปี[75] ในผู้ใหญ่[76] และในหนูที่โตแล้ว[77]

โดยซีกสมอง

นอกจากโดยขนาดแล้ว ยังมีความแตกต่างกันโดยประการอื่น ๆ อีกในอะมิกดะลาระหว่างของผู้ชายและของผู้หญิง เมื่อตรวจดูการทำงานของอะมิกดะลาในบุคคลผู้กำลังดูภาพยนตร์สยองขวัญ ผลงานวิจัยแสดงว่าผู้หญิงและผู้ชายมีความชำนาญเฉพาะซีกสมอง (lateralization[78]) ของอะมิกดะลาที่แตกต่างกันความทรงจำที่เพิ่มขึ้นของผู้หญิงในการดูภาพยนตร์นั้นเกี่ยวข้องกับการทำงานที่เพิ่มขึ้นของอะมิกดะลาซีกซ้าย แต่ไม่ใช่ซีกขวา ส่วนของผู้ชายเกี่ยวข้องกับการทำงานที่เพิ่มขึ้นของอะมิกดะลาซีกขวา ไม่ใช่ซีกซ้าย[79]

แต่ว่า นอกจากความเกี่ยวข้องกับอารมณ์เชิงลบแล้ว อะมิกดะลาซีกขวานั้น ปรากฏว่ามีความเกี่ยวข้องกับการเริ่มการกระทำด้วย[80] ซึ่งอาจจะอธิบายเหตุผลที่ผู้ชายมักจะตอบสนองต่อตัวกระตุ้นที่ก่อให้เกิดความเครียดด้วยการกระทำ ในนัยตรงกันข้าม อะมิกดะลาซีกซ้ายยังการระลึกถึงรายละเอียดของวัตถุและเหตุการณ์ให้เป็นไปได้ แต่ก็เป็นเหตุให้เกิดความคิดมากกว่าการกระทำในการตอบสนองต่อตัวกระตุ้นที่ก่อให้เกิดความเครียด ซึ่งอาจจะอธิบายเหตุผลที่ผู้หญิงไม่ตอบสนองต่อตัวกระตุ้นเช่นนั้นด้วยการกระทำ

โดยความวิตกกังวล

อาจจะมีความเกี่ยวข้องกันระหว่างอะมิกดะลาและความวิตกกังวล[81] โดยรายละเอียดก็คือ ผู้หญิงมักจะเป็นโรควิตกกังวล (anxiety disorder) มากกว่าผู้ชาย ในการทดลองหนึ่ง ลูกตัว degu (เป็นสัตว์อันดับฟันแทะ มีอยู่มากในประเทศชิลี) ถูกพรากจากแม่ของมันแต่สามารถได้ยินเสียงของแม่ได้เพราะเหตุนั้น สัตว์ตัวผู้ปรากฏว่ามีเซลล์รับความรู้สึกสำหรับสารเซโรโทนิน (serotonin receptor) มากขึ้นในอะมิกดะลา แต่สัตว์ตัวเมียกลับมีน้อยลง เนื่องจากว่า เซโรโทนินเชื่อกันว่า เป็นสารที่ช่วยให้เกิดความสุข นี่นำไปสู่การที่สัตว์ตัวผู้รับอิทธิพลจากสถานการณ์ที่ให้เกิดความเครียดน้อยกว่าสัตว์ตัวเมีย แม้ว่า ผลการทดลองที่ทำในลูกตัว degu ยากที่จะนำไปเทียบกับมนุษย์ได้ แต่ก็เป็นที่รู้กันดีว่า ผู้ชายมีระดับสารเซโรโทนินในสมองที่มากกว่าผู้หญิง