หลังการรัฐประหาร พ.ศ. 2549 ได้รับแต่งตั้งเป็นรองประธานตุลาการรัฐธรรมนูญ[4] (ทำหน้าที่แทน ศาลรัฐธรรมนูญ ตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ฉบับชั่วคราว พุทธศักราช 2549) คำพิพากษาส่วนตัวในคดียุบพรรค ของนายอักขราทร ให้ยุบพรรคไทยรักไทยและตัดสิทธิกรรมการบริหารพรรคทั้งหมด 111 คน เป็นเวลา 5 ปี ผลจากการตัดสินคดีดังกล่าว ทำให้ ศ.ดร.อักขราทร ถูกข่มขู่ โดยมีผู้นำระเบิดวางไว้หน้าบ้าน ซึ่งตำรวจสันนิษฐานว่าเป็นการสร้างสถานการณ์ แต่เหล่าสื่อมวลชนบางกลุ่มต่างกล่าวกันว่าเป็นการแก้แค้นของ พันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร[ต้องการอ้างอิง]