พยัญชนะมีทั้งหมด 35 ตัว โดยแต่ละตัวมีทั้งรูปตัวเต็มกับตัวเชิงหรือพยัญชนะซ้อน มีการจัดแบ่งเป็นวรรคตามระบบภาษาสันสกฤต

รูปพยัญชนะอักษรขอมไทยน้อยกว่าอักษรไทย 9 ตัว โดยรูปพยัญชนะที่ขาดไป 9 ตัว คือ ฃ ฅ ซ ฎ ด บ ฝ ฟ และ ฮ ซึ่งการเขียนคำที่มีพยัญชนะที่ขาดไปเป็นดังนี้

• ตัว ด ใช้ ฑ หรือ ต แทน เช่น ไฑ หรือ ไต = ได้, เฑากไม่ หรือ เตากไม่ = ดอกไม้
• ตัว ฝ ใช้ ผ แทน เช่น ผี อาจหมายถึง ผี หรือฝี ขึ้นกับบริบท
• ตัว ซ ใช้ ฌ ช หรือ ส เช่น ฌืตฺรง = ซื่อตรง, แลวใส้ย = แล้วไซร้
• ตัว บ และ ฟ นิยมนำรูปตัว (ป) ของอักษรขอมมาเขียนแทน บ และเพิ่มหางขึ้นไปเป็นรูป ตัว (ป) ส่วนตัว ฟ ใช้รูปตัว (พ) ของอักษรขอมมาเติมหางเช่นกันเป็นรูป (ฟ) แต่ในหลายกรณี รูปตัว ป ของอักษรขอมทั้งที่มีหางและไม่มีหางมักใช้ปะปนกัน บางครั้งแทนเสียง ป บางครั้งแทนเสียง บ เช่น เบน หรือ เปน = เป็น, ไฟเผา = ไฟเผา
• รูปตัว ฝ ใช้อักษรขอม ตัว พ เติมหางเช่นเดียวกับตัว ฟ เช่น ฟาย = ฝ่าย
• ตัว ฃ ฅ ฎ ฮ ไม่มีที่ใช้ โดยใช้ ข ค ฏ และ ห แทน

พยัญชนะทุกตัวใช้เป็นพยัญชนะต้นได้ทั้งหมด ในกรณีของอักษรนำและตัวควบกล้ำ ตัวแรกใช้รูปตัวเต็ม ตัวต่อไปใช้รูปตัวเชิง

ตัวสะกด มี/ร

นิยมเขียนด้วยรูปตัวเชิงใต้พยัญชนะต้นหรือสระ เว้นแต่พยัญชนะมีรูปสระหรือตัวควบกล้ำอยู่ข้างล่างอยู่แล้วจึงใช้รูปตัวเต็ม