ถึงแม้ประวัติศาสตร์ส่วนใหญ่ของอัคระนั้นมักจะถูกรับรู้ว่ามีความเกี่ยวพันกับจักรวรรดิโมกุล แต่แท้จริงแล้วเมืองอัคระนั้นเริ่มเกิดขึ้นก่อนหน้านั้น โดยมีความเกี่ยวโยงกับประวัติศาสตร์อินเดียสมัยมหาภารตะ ในปีค.ศ. 1000

เป็นที่ยอมรับกันว่า "สิกันดร โลดิ" สุลต่านแห่งเดลีนั้นเป็นผู้ก่อตั้งอัคระขึ้นในปีค.ศ. 1504 หลังจากสิ้นพระชนม์แล้วจึงสืบทอดไปยังพระโอรส "อิบราฮิม โลดี" ซึ่งปกครองสุลต่านเดลีที่อัคระจนกระทั่งพ่ายสงครามให้กับจักรพรรดิบาบูร์ (Bābar) ในยุทธการแห่งปณิปัต (Battle of Panipat) ในปีค.ศ. 1526

ต่อมาในปีค.ศ. 1556 กษัตริย์นักรบแห่งชาติฮินดู "เจ้าเหมจันทร์วิกรมทิตย์" (Hem Chandra Vikramaditya) ได้เอาชนะสุลต่านและจอมทัพของแคว้นอัคระ สุลต่านเอดิลชาห์สุรี (Adil Shah Suri) สุลต่านองค์สุดท้ายของราชวงศ์สุรี (ชาวอัฟกัน) เนื่องจากผู้บัญชาการกองทัพของสมเด็จพระจักรพรรดิหุมายุน (Humayun) แห่งราชวงศ์โมกุล คือ "ทาร์ดี เบ็ก คาน" (Tardi Beg Khan) ได้ยอมล่าถอยทัพออกจากอัคระด้วยความเกรงกลัวในพระบรมราชานุภาพของเจ้าเหมจันทร์วิกรมทิตย์ ถอยทัพโดยปราศจากการต่อสู้ ซึ่งครั้งนี้ถือเป็นชัยชนะครั้งที่ 21 ของกองทัพฝั่งฮินดู ภายใต้การนำทัพของพระองค์ตั้งแต่ปีค.ศ. 1554 จากนั้นได้เสด็จไปตีเมืองเดลี และมีพระราชพิธีบรมราชาภิเษกที่ป้อมปุรานา หิรา (Purana Qila) ในกรุงเดลี เมื่อ 7 ตุลาคม ค.ศ. 1556 และได้ฟื้นฟูอาณาจักรฮินดูขึ้นใหม่ปกครองแคว้นอินเดียตอนเหนือโดยราชวงศ์วิกรมทิตย์

ยุคทองของอัคระนั้นเริ่มขึ้นในสมัยที่ปกครองโดยราชวงศ์โมกุล โดยรู้จักกันดีในสมัยนั้นว่า "อัคบาราบัด" และเป็นเมืองหลวงของจักรวรรดิโมกุลภายใต้การปกครองของสมเด็จพระจักรพรรดิอักบัร สมเด็จพระจักรพรรดิชะฮันคีร์ และสมเด็จพระจักรพรรดิชาห์ชะฮัน และต่อมาสมเด็จพระจักรพรรดิชาห์ชะฮัน ทรงย้ายเมืองหลวงไปอยู่ที่ "ชาห์ชะฮันนาบัด" (Shahjahanabad) ในปีค.ศ. 1649

เนื่องจากที่อัคบาราบัดนี้เป็นเมืองที่สำคัญที่สุดในอินเดียภายใต้จักรวรรดิโมกุล จึงมีการสร้างสิ่งปลูกสร้างสำคัญมากมาย สมเด็จพระจักรพรรดิบาบูร์ ผู้สถาปนาราชวงศ์โมกุล ได้วางแบบแผนสวนแบบเปอร์เซียในบริเวณริมฝั่งของแม่น้ำยมุนา สวนนี้มีชื่อว่า "อารัม บักห์" (Arām Bāgh) แปลว่า สวนแห่งความผ่อนคลาย พระราชนัดดาของพระองค์ ซึ่งต่อมาคือ สมเด็จพระจักรพรรดิอักบัร ได้สร้างป้อมปราการสีแดงขึ้นมา นอกจากนั้นยังทำให้อัคระเป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ ศิลปะ การค้า และศาสนา ในรัชสมัยของพระองค์ยังมีการสร้างเมืองแห่งใหม่บริเวณปริมณฑลของอัคระที่มีชื่อว่า "ฟาเตห์ปูร์ สิครี" ซึ่งสร้างในรูปแบบของป้อมค่ายทหารซึ่งสร้างจากหิน

พระโอรสของพระองค์ ซึ่งต่อมาคือ สมเด็จพระจักรพรรดิชะฮันคีร์ ทรงเป็นผู้โปรดปรานสวน พืชพันธุ์ และต้นไม้ต่างๆ จึงพบการเพิ่มเติมบริเวณสวนภายในป้อมอัคระ สมเด็จพระจักรพรรดิชาห์ชะฮัน จักรพรรดิองค์ถัดมา ทรงเป็นผู้โปรดปรานและมีพระปรีชาสามารถทางสถาปัตยกรรมอย่างยิ่ง ซึ่งได้มอบมรดกชิ้นสำคัญของอัคระ คือ ทัชมาฮาล ที่สร้างขึ้นจากความรักและความทรงจำของพระมเหสีของพระองค์ ซึ่งสร้างเสร็จสมบูรณ์ในปีค.ศ. 1653

สมเด็จพระจักรพรรดิชาห์ชะฮัน ภายหลังนั้นได้ย้ายเมืองหลวงกลับไปที่กรุงเดลี แต่พระโอรสของพระองค์ ออรังเซพ ได้ย้ายกลับไปที่อัคบาราบัด โดยจับคุมตัวองค์จักรพรรดิไว้ในป้อมจนสวรรคต ซึ่งอัคบาราบัดก็ยังเป็นเมืองหลวงในขณะนั้นจนสมเด็จพระจักรพรรดิออรังเซพ ได้ย้ายเมืองหลวงไปที่ "ออรังกาบัด" (Aurangabad) ในเดคคาน เมื่อปีค.ศ. 1653 จากนั้นต่อมาเป็นยุคปลายของจักรวรรดิโมกุล เมืองจึงได้ตกอยู่ในอิทธิพลของชาวมราฐา และถูกเรียกชื่อใหม่ว่า "อัคระ" ก่อนที่จะตกเป็นอาณานิคมของจักรวรรดิอังกฤษ หรือบริติชราช