ธงชาติอาณาจักรปัตตานี (มลายู: كراجأن ڤتاني; Kerajaan Patani) ตั้งอยู่ทางตอนใต้ของประเทศไทย ในพื้นที่จังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส และสงขลาบางส่วนในปัจจุบัน อาณาจักรปัตตานีถือกำเนิดขึ้นก่อนอาณาจักรสยาม 500 ปี เริ่มจากเป็นเผ่าเล็ก ๆ รวมตัวกัน มีประชากรอาศัย 200-250 คน มีชื่อว่า ปีสัง โดยแต่ละปีจะมีตูวอลา (หัวหน้าเผ่าในสมัยนั้น) มาปกครอง และจะสลับทุก ๆ 1 ปี ต่อมามีชนกลุ่มใหญ่เข้ามามีบทบาทในแถบนี้มากขึ้น จนในที่สุด ก็ถูกรวมเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรลังกาสุกะ และเปลี่ยนจากชื่อ ปีสัง มาเป็น บาลูกา ซึ่งมีอายุราวพุทธศตวรรษที่ 9 หลังจากนั้นราว 100 ปี ลูกชายกษัตย์ลังกาสุกะได้เดินทางมาถึงที่นี้และรู้สึกประทับใจ เลยเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น ปาตาอีนิง แล้วก่อตั้งเป็นรัฐใหม่ ชื่อ รัฐปาตาอีนิง จนมีพ่อค้ามากมายเข้ามาติดต่อค้าขายทั้งจีน อาหรับ แต่ชาวอาหรับเรียกที่นี้ว่า ฟาตอนี เลยมีคนเรียกดินแดนแห่งนี้แตกต่างกันออกไป เดิมอาณาจักรปัตตานีนับถือศาสนาพุทธนิกายมหายาน แต่ในราวพุทธศตวรรษที่ 21 ได้เริ่มเปลี่ยนไปนับถือศาสนาอิสลาม[2] โดยบางช่วงอาณาจักรแผ่ขยายครอบคลุมถึงรัฐกลันตันและรัฐตรังกานู ตอนกลางของประเทศมาเลเซีย[3] แต่หลังการสิ้นสุดราชวงศ์ศรีวังสา อาณาจักรปัตตานีก็เริ่มเสื่อมลง จนตกอยู่ในอำนาจของสยามในปี พ.ศ. 2329 และกลายเป็นเมืองขึ้นเรื่อยมาจนถึงปี พ.ศ. 2445 ก็ถูกรวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของสยาม