ในที่สุด สมัชชาบอสเนียจึงขึ้นอยู๋ใน3อำนาจหลักของยูโกสลาเวีย ซึ่งประกอบไปด้วย สมัชชาโครเอเชีย(คริสต์คาทอลิก),สมัชชาเซอร์เบีย(ออธอร์ด็อกซ์)และสมัชชาบอสเนีย(มุสลิม) แต่สมัชชาเซอร์เบียกลับพยายามควบคุมอำนาจประเทศเบ็ดเสร็จทำให้สมัชชาโครเอเชียในตำแหน่งประธานาธิบดียุโกสลาเวียไม่พอใจ จึงประกาศเอกราชโครเอเชียจากยุโกสลาเวีย สมัชชาเซอร์เบียหรือสาธารณรัฐสังคมนิยมเซอร์เบียจึงรุกราน สาธารณรัฐสังคมนิยมโครเอเชีย / สาธารณรัฐโครเอเชีย ในขณะนั้นบอสเนียเป็นกลาง แต่ในสภาที่กรุงซาราเยโว พวกเซิร์บพยายามขัดขวางอำนาจของบอสเนีย ทำให้หลายๆคนจึงกระซิบหูของอาลียาว่า เห็นแก่อนาคตของบอสเนีย เราต้องทำอะไรสักอย่าง อาลียาจึงเลือกเข้าข้างโครเอเชียในปี1992 สมัชชาเซอร์เบียได้ขัดขวางพลังมวลชนบอสเนียนับแสนคนในซาราเยโวด้วยกากราดยิงทำให้รัฐบาลสาธารณรัฐสังคมนิยมบอสเนีย จึงประกาศสงครามกับเซอร์เบีย ทำให้ยูโกสลาเวียล้มสลายอย่างสมบูรณ์