หลังสงครามอาลียา อาจจะยอมรับสนธิสัญญาเดย์ตัน ที่เปลี่ยนบอสเนียเป็นรัฐพหุสังคม อย่างไม่เต็มใจหนัก อาลียา ได้ระบุกับชาวบอสเนียว่า ประเทศบอสเนียใหม่กลับไม่ใช้ของเรา ถึงกระนั้น อาลียา ยังดำรงประธานาธิบดี สลับกับพวกโครแอทและเซิร์บ จนในที่สุดอาลียา จำต้องลาออกจากตำแหน่งและแต่งตั้งบุตรชาย เป็นคนสืบทอดอำนาจ ด้วยปัญหาสุขภาพ ของอาลียา แต่กระนั้นบอสเนียที่อาลียา วาดเอาไว้ไม่สามารถเป็นจริงได้ รัฐอิสลามใจกลางทวีปยุโรปคงเป็นเรื่องที่ไม่มีทางเป็นไปได้แล้ว ในวันที่19 ตุลาคม ปี2003 อาลียา อีเซ็ตเบโกวิช ก็เสียชีวิต นานาชาติมุสลิมได้แสดงความเสียใจ และลดธงเหลือครึ่งเสา ไว้อาลัยชายผู้อุ้มชูอิสลามแห่งยุโรป