ในปีวันที่ 6 เมษายน ปี1992 ทหารเซอร์เบียบุกกราดยิงมวลชนบอสเนีย ทำให้ทหารบอสเนียจึงเข้าต่อต้าน รัฐบาลบอสเนียจึงแยกตัวเป็นอิสระ และประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา อาลียา อีเซ็ตเบโกวิชขึ้นดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี ปลุกชาตินิยมบอสเนีย อิสลามขึ้นมา และกำจัดพวกโครแอทและเซิร์บออกจากแผ่นดินบอสเนีย สงครามในบอสเนียจึงอุบัติเป็นสงครามสามฝ่าย อาลียา อีเซ็ตเบโกวิช พยายามเรียกร้องให้นานาชาติยุตินโยบายไม่ขายอาวุธให้บอสเนียเพื่อสนับสนุนให้โครเอเชียยึดบอสเนีย อาลียา จึงหันไปหาประเทศมุสลิม ตุรกี ซาอุดิอารเบีย มาเลยเซียและอื่นๆจึงหันมาให้ความช่วยเหลือและเมื่อเกิดการฆ่าล้างเผ่าพันธ์บอสเนีย ตุรกี และพันธมิตรมุสลิมจึงส่งทหารเข้ามายังบอสเนีย แตกระนั้นสหรัฐอเมริกาก็บีบทุกวิถีทางให้บอสเนียยอมรับให้ประเทศตนเป็นประเทศพหุสังคมและยุติการขับไล่ชาวเซิร์บและโครแอท ในปี1995 บอสเนียจำยอมรับข้อเสนอที่ไม่ยุติธรรม อาลียา ได้กล่าวกับประชาชนว่า ความยุติธรรมของบอสเนียหายไปแล้ว เมื่อสหรัฐอเมริกาและประเทศตะวันตก วางหมากให้เราเป็นประเทศพหุสังคม โดยแบ่งประเทศ4ส่วน 2ส่วนเป็นของเซิร์บและ1ส่วนเป็นของโครแอท ส่วนบอสเนียมีแค่1ส่วน นับว่าเป็นความอัปยศของบอสเนีย