สุไหงปาดีมาจากคำในภาษามลายูว่า "สุไหง" ซึ่งแปลว่าคลองหรือแม่น้ำ และ "ปาดี" ซึ่งแปลว่า "ข้าวเปลือก" ซึ่งความหมายรวมกันก็คือ "คลองข้าวเปลือก" ทั้งนี้เพราะแต่ดั้งเดิมบริเวณที่ราบลุ่มสองฝั่งคลองที่ไหลผ่านพื้นที่อำเภอนี้เป็นแหล่งเพาะปลูกข้าวที่สำคัญ ชาวบ้านจะนำข้าวเปลือกล่องเรือไปตามลำคลองเพื่อขายให้กับท้องถิ่นอื่น ๆ จึงเรียกคลองนี้ว่า สุไหงปาดี เมื่อตั้งอำเภอขึ้นมาจึงมีชื่อตามคลองสายนี้

อำเภอสุไหงปาดีจัดตั้งเป็นอำเภอเมื่อ พ.ศ. 2440 ที่ว่าการอำเภออยู่ที่หมู่ 4 ตำบลสุไหงปาดี ขึ้นกับเมืองระแงะ และได้ขึ้นกับจังหวัดนราธิวาส ในปี พ.ศ. 2462 ทางราชการได้ย้ายที่ว่าการอำเภอมาตั้งที่บ้านโคกตา หมู่ที่ 1 ตำบลปะลุรู ซึ่งห่างจากที่ว่าการอำเภอเดิม 7 กิโลเมตร เพราะเป็นพื้นที่ที่มีความเจริญมรรถไฟผ่านและเป็นศูนย์กลางของพื้นที่อำเภอ โดยใช้ซื่ออำเภอสุไหงปาดีดังเดิม

แต่เดิมสุไหงปาดีมีอาณาเขตที่กว้างขวางมีพื้นที่ติดต่อกับรัฐกลันตัน ประเทศมาเลเซีย ต่อมาได้มีการแยกตำบลสุไหงโก-ลก ตำบลปุโยะ ตำบลปาเสมัส และตำบลมูโนะไปรวมกันเพื่อจัดตั้งเป็นอำเภอสุไหงโก-ลก จึงทำให้อำเภอสุไหงปาดีมีพื้นที่เล็กลงและไม่ติดกับประเทศมาเลเซียอีก