อำเภอห้วยทับทันมีถนนสายหลักคือทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 226 (นครราชสีมา–อุบลราชธานี) ซึ่งเชื่อมระหว่างหัวยทับทัน–เมืองสุรินทร์ ระยะทาง 64 กิโลเมตร และเชื่อมระหว่างห้วยทับทัน–เมืองศรีสะเกษ ระยะทาง 37 กิโลเมตร

อำเภอห้วยทับทันมีสถานีรถไฟประจำอำเภอคือสถานีรถไฟห้วยทับทัน โดยรถไฟเกือบทุกขบวน (ยกเว้นรถด่วนพิเศษอีสานวัตนาที่ 23/24 และรถด่วนพิเศษดีเซลรางที่ 21/22) จะหยุดรับ–ส่งผู้โดยสารที่สถานีนี้