อำเภอห้วยทับทันแยกออกมาจากอำเภออุทุมพรพิสัยและประกาศตั้งเป็นกิ่งอำเภอห้วยทับทัน เมื่อวันที่ 17 มกราคม พ.ศ. 2520 ต่อมาทำการเปิดกิ่งอำเภอเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2520 โดยใช้ใต้ถุนศาลาวัดประชารังสรรค์เป็นสถานที่ทำการกิ่งอำเภอ และได้รับงบประมาณก่อสร้างที่ว่าการอำเภอถาวรเมื่อ พ.ศ. 2524 ต่อมากระทรวงมหาดไทยได้ประกาศยกฐานะเป็นอำเภอเมื่อวันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2529[3]