พระสวามีของพระองค์เป็นคนรูปงาม แต่พัวพันกับเรื่องรักๆใคร่ๆ กับชายคนโปรดหลายคน ในตอนที่อภิเษกสมรส พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดมีความสัมพันธ์อยู่กับเพียซ กาเวสตัน เอิร์ลแห่งคอร์นวอลล์ ความสัมพันธ์เริ่มขึ้นในช่วงรัชสมัยของพระบิดาของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 1 ที่มักจะผิดใจกับพระโอรสคนโตอยู่บ่อยครั้ง ทรงโกรธเป็นฟืนเป็นไฟเรื่องที่ว่าพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดมีความรักใคร่ให้กับกาเวสตันมากเกินไป ว่ากันว่าพระองค์จิกผมของพระโอรสและดึงมันออกมา พระองค์เนรเทศกาเวสตันข้อหาพยายามรักษาความสัมพันธ์ไว้ แต่ไม่นานหลังพระบิดาสิ้นพระชนม์ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเรียกตัวคนรักของพระองค์กลับมา มอบเอิร์ลดอมแห่งคอร์นวอลให้กับเขาและให้เขาแต่งงานกับพระนัดดา (หลานอา) ของพระองค์ มาร์กาเร็ต เดอ แคลร์ กาเวสตันเย่อหยิ่ง มีนิสัยไม่รอบคอบและหัวรั้น ซึ่งพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดมองว่ามีเสน่ห์ ในงานฉลองการอภิเษกสมรสของทั้งคู่ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดชอบที่จะนั่งกับคนโปรดของพระองค์มากกว่าพระราชินีอีซาแบล ซึ่งสร้างความโกรธเคืองเป็นอย่างมากแก่พระปิตุลา (อา) ของอีซาแบล หลุยส์ เคานต์แห่งอีปโรซ์ กับชาร์ล เคานต์แห่งวาลัวส์ เพื่อเพิ่มความเจ็บช้ำน้ำใจให้มากขึ้น พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดมอบอัญมณีของพระราชินีอีซาแบลให้กับกาเวสตันที่สวมใส่มันอย่างเปิดเผย ผ้าทอที่ทำขึ้นเพื่อใช้ในพิธีราชาภิเษกกษัตริย์และพระราชินีคนใหม่ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ.1308 แสดงให้เห็นถึงตราประจำตัวของกษัตริย์กับกาเวสตัน

การตกต่ำลงของกาเวสตัน

ฝ่ายที่ต่อต้านกาเวสตันที่ไม่เป็นที่นิยมอย่างมากเริ่มก่อตัวขึ้น นำโดยโธมัส แพลนทาเจเนตแห่งแลงคาสเตอร์ พระญาติของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดและพระปิตุลา (น้า) ทางฝั่งมารดาของพระราชินีอิซาเบลลา พระราชินีอิซาเบลลาเขียนจดหมายถึงพระบิดาว่า "ข้าเป็นภรรยาที่เคราะห์ร้ายที่สุด" และกล่าวถึงพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดว่า "บนเตียงนอนของข้ามีชายที่ไม่รู้จักกันอย่างสิ้นเชิง" พระเจ้าฟิลิปที่ 4 สงสารในชะตากรรมของพระธิดาและให้ความช่วยเหลือ เป็นผลให้กาเวสตันถูกขับไล่ออกจากประเทศไปไอร์แลนด์อยู่ช่วงหนึ่งแต่สุดท้ายก็กลับมาอังกฤษอีกครั้ง พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเป็นผู้นำในการสู้รบครั้งหายนะกับชาวสกอตใน ค.ศ.1311 ในช่วงที่อิซาเบลลาได้แต่หลบหนีการถูกจับกุมตัว เหล่าบารอนลุกขึ้นมาก่อปฏิวัติต่อพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด เป็นผลให้เกิดสงครามกลางเมือง กาเวสตันถูกจับกุมตัวที่ปราสาทสการ์โบโร และถูกประหารโดยกีย์ เดอ โบช็อมป์กับโธมัสแห่งแลงคาสเตอร์

การเติบโตขึ้นของความตึงเครียด

ความรักใคร่ของกษัตริย์เปลี่ยนไปเป็นของพวกเดสเปนเซอร์ บิดากับบุตรชาย พระราชบุตรคนแรกของอิซาเบลลา อนาคตพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 เสด็จพระราชสมภพที่ปราสาทวินด์เซอร์ใน ค.ศ.1312 ตามมาด้วยพระโอรสธิดาอีกสามคนในช่วงเวลาสิบปีต่อมา

ความตึงเครียดที่ราชสำนักต่อกษัตริย์กับการปกครองที่ไร้ประสิทธิภาพและชายคนโปรดของพระองค์เติบโตขึ้นอย่างต่อเนื่อง กษัตริย์สกอตแลนด์ พระเจ้าโรเบิร์ต เดอะ บรูซ หาทางกอบกู้ราชอาณาจักรสกอตแลนด์ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดนำการสู้รบครั้งใหม่มาสู่สกอตแลนด์ใน ค.ศ.1314 ที่ผลลัพธ์คือความพ่ายแพ้ที่สมรภูมิแห่งบันน็อคเบิร์น การเผชิญหน้าลงเอยด้วยความพ่ายแพ้ที่โด่งดังที่สุดครั้งหนึ่งในประวัติศาสตร์อังกฤษ กษัตริย์แห่งอังกฤษถูกบีบให้หนีกลับอังกฤษอย่างน่าขายหน้า พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดออกจากปราสาทสเตอร์ลิงและรีบหนีไปดันบาร์ ที่ซึ่งพระองค์สามารถหาเรือกลับไปอังกฤษได้

พวกเดสเปนเซอร์

ยิ่งฮิวจ์ เดอ เดสเปนเซอร์ ผู้ลูกเป็นที่โปรดปรานของพระสวามีของพระองค์มากเท่าไหร่ก็ยิ่งทำให้เป็นศัตรูกับฝ่ายตรงข้ามของพระองค์มากขึ้นเท่านั้น แลงคาสเตอร์ ที่อยู่ฝ่ายตรงกันข้ามกับเดสเปนเซอร์ ส่งกองทหารเข้าสู่ลอนดอนและเรียกร้องให้ขับไล่พวกเดสเปนเซอร์ออกจากประเทศ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดถูกบีบให้ยอมทำตาม แต่ก็เอาคืนในตอนที่เดสเปนเซอร์กลับมาในเวลาต่อมาและโจมตีฝ่ายตรงข้ามกลับ พระองค์ถูกบีบให้ยอมจำนน แลงคาสเตอร์ถูกจับกุมตัวและถูกประหารหลังสมรภูมิแห่งโบโรบริจด์

พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่มีพระราชินีอิซาเบลลาร่วมเดินทางด้วยนำกองทัพขึ้นเหนือไปสู้กับชาวสกอต แบกรับความพ่ายแพ้ที่น่าอับอายที่สมรภูมิแห่งบายแลนด์ มัวร์ในยอร์กเชียร์ กษัตริย์ส่งพระมเหสีไปที่ศาสนสำนักไทน์มัธบนชายฝั่งตะวันออกเฉียงเหนือของอังกฤษ จากนั้นขี่ม้าลงใต้ ไปหาทหารใหม่ กองทัพสกอตแลนด์ที่เดินหน้าลงใต้ทำให้พระราชินีอิซาเบลลาที่ตั้งครรภ์สามเดือนในตอนนั้นรู้สึกกังวลกับความปลอดภัยของตนเองและร้องขอความช่วยเหลือจากพระสวามี แต่พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดยังคงถอยลงใต้ไปกับพวกเดสเปนเซอร์ต่อไป ทิ้งพระราชินีอิซาเบลลาไว้ในสถานการณ์ที่ไม่ปลอดภัย ทรงถูกตัดขาดจากทางใต้โดยกองทัพสกอตแลนด์ พระราชินีอิซาเบลลาหนีโดยอาศัยให้ผู้ติดตามของพระองค์ช่วยกันชาวสกอตออกไป ในขณะที่อัศวินของพระองค์บางส่วนไปจัดหาเรือมาให้ การต่อสู้ดำเนินยังคงดำเนินอยู่ในตอนที่พระราชินีอิซาเบลลาถอยลงเรือ นางกำนัลสองคนของพระองค์ถูกฆ่า พระราชินีที่โกรธจัดหาทางกลับยอร์กได้โดยปลอดภัย

ความรู้สึกของพระองค์ที่มีต่อพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดแข็งกระด้างขึ้นนับจากตอนนี้ ในปลายปี ค.ศ.1322 อิซาเบลลาจากราชสำนักไปแสวงบุญรอบๆ อังกฤษเป็นเวลาสิบเดือน ความตึงเครียดเติบโตขึ้นในตอนที่พระองค์ปฏิเสธที่จะมอบคำสัตย์ปฏิญาณแห่งความจงรักภักดีให้แก่พวกเดสเปนเซอร์ เอ็ดเวิร์ดตอบโต้ด้วยการยึดที่ดินของพระองค์และพระราชบุตรคนสุดท้องของพระองค์ถูกพรากไปจากพระองค์และให้ไปอยู่ในการดูแลของพวกเดสเปนเซอร์