อีซาแบลแห่งฝรั่งเศสเสด็จพระราชสมภพในปารีส ทรงเป็นพระราชธิดาของพระเจ้าฟิลิปที่ 4 แห่งฝรั่งเศสกับสมเด็จพระราชินีนาถฌานที่ 1 แห่งนาวาร์ พระราชธิดาของพระเจ้าอ็องรีที่ 1 แห่งนาวาร์ ไม่มีบันทึกเกี่ยวกับการเสด็จพระราชสมภพของพระองค์เหลือรอดอยู่ แต่การคำนวณจากวันอภิเษกสมรสทำให้เข้าใจว่าอยู่ระหว่างเดือนพฤษภาคมถึงเดือนพฤษจิกายน ค.ศ.1295

พระราชินีอีซาแบลใช้เวลาในวัยเด็กในชาโต เดอ ลูฟร์และปาเลส์ เดอ ลา ซิเต ในปารีส พระองค์ได้รับการดูแลโดยธีโอฟาเนีย เดอ แซ็งต์-ปิแอร์ นางพยาบาลส่วนพระองค์และได้รับการศึกษาอย่างดี พัฒนาความรักในการอ่านที่จะอยู่ติดตัวพระองค์ไปตลอดชีวิต คนในสมัยเดียวกันยังแสดงความเห็นถึงความเฉลียวฉลาดและบุคคลิกที่มีเสน่ห์ของพระองค์ เช่นเดียวกับพระบิดา พระเจ้าฟิลิปที่ 4 ความงามของพระราชินีอิซาเบลลาเป็นที่พูดถึงในเวลานั้น

พระเจ้าฟิลิปผู้รูปงามเป็นที่รู้จักในชื่อ "เลอ เบล" (ผู้รูปงาม) เนื่องจากรูปร่างหน้าตาที่หล่อเหลา พระมารดาของพระองค์ สมเด็จพระราชินีนาถฌานแห่งนาวาร์ ถูกบรรยายไว้โดยคนในสมัยเดียวกันว่าเป็นผู้หญิงรูปร่างท้วมและธรรมดา พระเชษฐาของพระราชินีอีซาแบล หลุยส์, ฟิลิป และชาร์ล กลายเป็นพระมหากษัตริย์แห่งฝรั่งเศสตามลำดับ

พระราชินีอีซาแบลถูกหมั้นหมายกับพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 2 แห่งอังกฤษโดยพระราชบิดาในตอนที่พระองค์ยังทรงพระเยาว์ ข้อเสนอได้รับการพูดคุยใน ค.ศ.1298 ในตอนที่พระราชินีอีซาแบลมีพระชนมายุไม่ถึง 3 พรรษา หลังความล่าช้าที่ยาวนานอันเนื่องมาจากความขัดแย้งในเงื่อนไขของสัญญาการอภิเษกสมรส สุดท้ายทั้งสองพระองค์ก็อภิเษกสมรสกับที่บูโลญ-ซูร์-แมร์ เมื่อวันที่ 25 มกราคม ค.ศ.1308 ในตอนที่พระราชินีอีซาแบลพระชนมายุ 12 พรรษา พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดกับพระราชินีอีซาแบลเป็นพระญาติลำดับที่สองที่ห่างกันหนึ่งขั้น และมีบรรพบุรุษร่วมกันคือเรมอน เบเรนเกร์ เคานต์แห่งโพรงว็องซ์ กับภรรยา เบียทริซแห่งซาวัว พระปัยกี (ทวด) ทางฝั่งบิดาของพระราชินีอิซาเบลลา มาร์การิดาแห่งโพรว็องซ์ พระราชินีแห่งฝรั่งเศส เป็นพระเชษฐภคินีของพระอัยกี (ปู่) ของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด อะลีอูโนแห่งโพรว็องซ์ พระราชินีอีซาแบลได้นำสายเลือดของกษัตริย์แซ็กซัน พระเจ้าแฮโรลด์ที่ 2 กลับมาสู่ราชตระกูลอังกฤษอีกครั้ง พระองค์เป็นพระนัดดา (หลานย่า) ของพระราชินีอิซาเบลแห่งอารากอน พระมเหสีของพระเจ้าฟิลิปที่ 3 แห่งฝรั่งเศส พระมารดาของพระราชินีอิซาเบลลาแห่งอารากอน วิโอลันต์แห่งฮังการี เป็นพระราชธิดาของพระเจ้าอันดราชที่ 2 แห่งฮังการี พระนัดดา (หลานปู่) ของพระเจ้ากีซาที่ 2 แห่งฮังการี ที่มีกับพระราชินียูโฟรซีนแแห่งเคียฟ พระนัดดา (หลานย่า) ของพระราชธิดาของพระเจ้าแฮโรลด์ กีธาแห่งเวสเซ็กซ์ ที่เสกสมรสกับวลาดิเมียร์ที่ 2 โมโนมัคแห่งเคียฟ