เจ้าหญิงอ็องเรียต มารีทรงเสกสมรสด้วยพระองค์เองกับพระเจ้าชาลส์ที่ 1 เมื่อวันที่ 13 มืถุนายน ค.ศ. 1625 แต่การที่ทรงเป็นโรมันคาทอลิกทำให้ไม่สามารถที่จะได้รับการราชาภิเษกกับพระสวามีได้ในพิธีแองกลิคัน ความสัมพันธ์ระหว่างสองพระองค์เมื่อเริ่มแรกเป็นไปอย่างเย็นชา พระราชินีอ็องเรียต มารีทรงนำผู้ติดตามจำนวนหลายคนมาจากฝรั่งเศสซึ่งล้วนแต่เป็นโรมันคาทอลิกและแต่ละคนต่างก็ใช้เงินเก่งจนต้องพระราชทรัพย์จำนวนมากในการบำรุงรักษาสตรีเหล่านั้น กล่าวกันว่าในที่สุดพระเจ้าชาลส์ก็ทรงทนไม่ได้ จึงทรงส่งข้าราชบริพารของพระราชินีกลับฝรั่งเศส เหลือไว้แต่เพียงอนุศาสนาจารย์ และนางสนองพระโอษฐ์อีกสองคน

เดิมพระเจ้าชาลส์ตั้งพระทัยที่จะเสกสมรสกับมาเรีย แอนนาแห่งสเปน พระราชธิดาของพระเจ้าเฟลิเปที่ 3 แห่งสเปน แต่ไม่สำเร็จซึ่งอาจจะเป็นสาเหตุที่ทำให้ความสัมพันธ์ของพระองค์กับเจ้าหญิงอ็องเรียต มารีเมื่อเริ่มแรกไม่เป็นไปอย่างที่ควรจะเป็น เมื่อทรงพบกันครั้งใดก็ทรงมีปากมีเสียงกันและแยกจากกัน ไม่ได้พบพระพักตร์กันเป็นอาทิตย์

เจ้าหญิงอ็องเรียต มารีไม่โปรดจอร์จ วิลเลิร์ส ดยุกที่ 1 แห่งบักกิงแฮม คนโปรดของเจ้าชาลส์ในทันทีที่ทรงพบ แต่หลังจากดยุกแห่งบักกิงแฮมสิ้นชีวิตในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1628 ความสัมพันธ์ระหว่างสองพระองค์ก็ค่อยกระเตื้องขึ้นและในที่สุดก็ทรงมีความรักต่อกันอย่างลึกซึ้ง การที่ไม่ทรงยอมเลิกเป็นโรมันคาทอลิกทำให้ไม่เป็นที่พึงพอใจของข้าราชสำนักผู้มีอำนาจเช่นวิลเลียม ลอด อาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรี และ ทอมัส เวนท์เวิร์ธ เอิร์ลแห่งสตราฟฟอร์ดที่ 1 แต่พระเจ้าชาลส์ที่ 1 เองทรงมีความเอนเอียงไปทางโรมันคาทอลิก