พระราชินีอ็องเรียต มารีทรงเพิ่มความมีบทบาทในความขัดแย้งทางการเมืองในระหว่างคริสต์ทศวรรษ 1630 ไม่โปรดข้าราชสำนักพิวริตัน เมื่อสงครามการเมืองเริ่ม พระราชินีอ็องเรียต มารีก็ทรงพยายามหาทุนสนับสนุนพระสวามีจากฝ่ายโรมันคาทอลิกในยุโรป เช่น จากสมเด็จพระสันตะปาปาเออร์บันที่ 8 หรือจากฝรั่งเศส ซึ่งทำให้ทางฝ่ายอังกฤษผู้สนับสนุนพระเจ้าชาลส์ไม่พอใจ นอกจากนั้นยังทรงมีความเห็นพระทัยต่อผู้นับถือโรมันคาทอลิก เช่น การทรงจัดเร็คเควียมภายในชาเปลส่วนพระองค์ที่วังซอมเมอร์เซ็ทให้กับหลวงพ่อริชาร์ด เบลาท์เมื่อปี ค.ศ. 1638

ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1642 เมื่อความขัดแย้งเริ่มต้นในอังกฤษพระราชินีอ็องเรียต มารีประทับอยู่ที่ฝรั่งเศส เพื่อจะหาทุนสนับสนุนฝ่ายกษัตริย์ (Royalist) และไม่ได้เสด็จกลับอังกฤษจนกระทั่งปี ค.ศ. 1643 เมื่อทรงขึ้นฝั่งอังกฤษก็ทรงมาพร้อมกับกองทหารที่บริดลิงตันในยอร์กเชอร์ เพื่อมาสมทบกับกองทหารฝ่ายกษัตริย์ของอังกฤษทางตอนเหนือ และทรงตั้งกองบัญชาการอยู่ที่ยอร์ก พระราชินีอ็องเรียต มารีประทับอยู่กับกองทหารทางเหนืออยู่หลายเดือนก่อนที่เสด็จลงมาพบกับพระเจ้าชาลส์ที่อ็อกฟอร์ด การที่สถานะการณ์ของพระเจ้าชาลส์ทรุดลงหลังจากการแทรกแซงของสกอตแลนด์ และการที่พระเจ้าชาลส์ไม่ทรงยอมรับข้อตกลงของรัฐบาลในการสงบศึก ทำให้พระราชินีอ็องเรียต มารีเสด็จหนีไปฝรั่งเศสพร้อมกับพระโอรสในปี ค.ศ. 1644 พระเจ้าชาลส์ถูกสำเร็จโทษในปี ค.ศ. 1649 ทิ้งพระราชินีอ็องเรียต มารีให้ฐานะที่เกือบไม่มีทรัพย์สินใดใดเหลือ