พระราชินีอ็องเรียต มารีเป็นพระราชธิดาองค์สุดท้องของพระเจ้าอ็องรีที่ 4 แห่งฝรั่งเศส และพระอัครมเหสีองค์ที่สองพระนางมาเรีย เด เมดีชี ในฐานะที่เป็นพระราชธิดาของพระมหากษัตริย์ เจ้าหญิงอ็องเรียต มารีจีงทรงดำรงตำแหน่งเป็น “เจ้าหญิงสืบสายพระโลหิต” เป็นพระขนิษฐาองค์เล็กของ พระเจ้าหลุยส์ที่ 13 แห่งฝรั่งเศส พระเจ้าอ็องรีพระราชบิดาถูกปลงพระชนม์โดยฟร็องซัว ราวายัก (François Ravaillac) ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1610 เมื่อเจ้าหญิงอ็องเรียต มารีมีพระชนมายุได้เพียงไม่ถึงพรรษา เจ็ดปีต่อมาในปี ค.ศ. 1617 พระมารดาก็ทรงถูกขับจากราชสำนัก

เจ้าหญิงอ็องเรียต มารีทรงได้รับการเลี้ยงดูอย่างโรมันคาทอลิก ทรงเสกสมรสโดยฉันทะ (Marriage by proxy) กับพระเจ้าชาลส์ที่ 1 เมื่อวันที่ 11 พฤษภาคม ค.ศ. 1625 ไม่นานก่อนที่พระเจ้าชาลส์ที่ 1 จะขึ้นครองราชบัลลังก์อังกฤษ แต่การแต่งงานของทั้งสองพระองค์ไม่เป็นที่นิยมกันในอังกฤษเพราะการที่เจ้าหญิงอ็องเรียต มารีทรงเป็นผู้นับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก