การเสียชีวิตของยวนคาดว่าเกิดจากคำสั่งของเขมรแดงหลังจากขึ้นครองอำนาจเมื่อ พ.ศ. 2518 แล้ว[5] เชื่อว่ายวนเสียชีวิตเพราะความขัดแย้งในกรณีที่เขาไม่เห็นด้วยกับการอพยพผู้คนออกจากพนมเปญ[6] เจ้าหน้าที่พรรคคอมมิวนิสต์จากจังหวัดกำปงจามกล่าวว่ายวนถูกยิงในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2518 โดยทหารของเขมรแดง หลังจากที่เขาแสดงความเห็นใจผู้อพยพที่เปรกปอร์ ตำบลสเร็ยสันทอร์ และร่างของเขาถูกโยนลงแม่น้ำโขง[7] พยานคนอื่นกล่าวว่ายังเห็นยวนในค่ายที่สตึงแตรงเมื่อ พ.ศ. 2519 และเขาน่าจะป่วยจนเสียชีวิต หรือฆ่าตัวตายขณะอยู่ในค่าย สมาชิกเขมรแดงบางคนเล่าว่าเขาถูกหน่วยรักษาความปลอดภัยยิงตายเพราะความผิดพลาดหลังจากที่เขาถูกเรียกตัวกลับมายังพนมเปญ อย่างไรก็ตามเอกสารของเขมรแดงหลัง พ.ศ. 2521 ได้อ้างถึงยวนว่าเขาเสียชีวิตขณะถูกคุมขัง[3]