หลังรัฐประหารในกัมพูชา พ.ศ. 2513 ยวนได้เข้าร่วมกับรัฐบาลราชอาณาจักรกัมพูชาพลัดถิ่นที่ตั้งอยู่ที่ปักกิ่ง ซึ่งเป็นแนวร่วมระหว่างพระนโรดม สีหนุกับพรรคคอมมิวนิสต์ ยวนเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสหกรณ์และทำให้เกิดความตึงเครียดระหว่างตัวเขากับสมาชิกเขมรแดงในพื้นที่ปลดปล่อย และยังต่อต้านนโยบายของพล พต และนวน เจียที่ต้องการยกเลิกระบบตลาดโดยสิ้นเชิง ยวนกล่าวว่า ถ้าพวกเขาทำตามความคิดนี้ ระบบจะล่มสลายภายใน 3 ปี[3]

ความขัดแย้งนี้ทำให้ยวนถูกส่งเข้าค่ายสัมมนา K6 เป็นระยะเวลาสั้น ๆ ใน พ.ศ. 2517 แต่เนื่องจากเขามีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับพล พต และเป็นที่รู้จักโดยทั่วไป ทำให้เขายังคงเป็นหนึ่งในผู้นำเขมรแดงจนถึง พ.ศ. 2518