เขมรอิสระเริ่มจัดตั้งครั้งแรกใน พ.ศ. 2483 โดย ปก พอลกุณในกรุงเทพฯ ซึ่งเป็นเวลาเดียวกันที่เซิง งอกทัญเข้าไปขอความช่วยเหลือจากญี่ปุ่นในการต่อต้านฝรั่งเศส ต่อมา ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2483 ไทยได้เข้ายึดครองพระตะบอง และเสียมราฐจากฝรั่งเศสในกรณีพิพาทอินโดจีนฝรั่งเศส และญี่ปุ่นได้เข้ามาไกล่เกลี่ยในต้น พ.ศ. 2484 และต่อมา ปก พอลกุณได้เป็น ส.ส. ในจังหวัดพระตะบองของไทยด้วย