ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 เขมรอิสระได้จัดตั้งคณะกรรมการปลดปล่อยประชาชนเขมรโดยดาบ ฌวนเป็นประธาน ผู้นำของขบวนการนี้ 11 คน เป็นฝ่ายนิยมเวียดมิญถึง 5 คน แม้ว่าดาบ ฌวนจะเป็นกลุ่มที่ต่อต้านคอมมิวนิสต์ แต่ก็มีผู้ที่นิยมเวียดมิญและมีบทบาทสำคัญอยู่ 2 คนคือ เซียว เฮงและหลานของเขาคือฬง บุนเรต (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น นวน เจีย) ซึ่งต่อมาได้เป็นผู้นำอันดับสองของพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชา

ในช่วงนี้ เวียดมิญเข้ามามีบทบาทเหนือขบวนการเขมรอิสระมากขึ้น ทำให้คอมมิวนิสต์แบบเวียดนามแพร่หลายทางตะวันออกของประเทศ มีการฝึกการสู้รบแบบกองโจรจากเวียดนาม และชาวกัมพูชาจำนวนมากถูกส่งเข้าอบรมทางการเมือง เพื่อเรียนรู้เกี่ยวกับลัทธิมาร์ก-เลนิน และความร่วมมือกับเวียดนาม ในอีกด้านหนึ่งของประเทศ เซิง งอกมิญได้เดินทางกลับจากประเทศไทยพร้อมนำอาวุธเข้ามาในกัมพูชา ใน พ.ศ. 2490 เขาได้ตั้งคณะกรรมการปลดปล่อยกัมพูชาตะวันตกเฉียงใต้ อย่างไรก็ตาม ในสงครามกลางเมืองกัมพูชา พ.ศ. 2513 – 2518 บริเวณดังกล่าวนี้เป็นฐานกำลังที่สำคัญของพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชา และเป็นฐานที่สำคัญของพล พตด้วย ทั้งนี้ ใน พ.ศ. 2491กัมพูชาตะวันตกเฉียงใต้เป็นเขตอิทธิพลของเขมรอิสระ

ใน พ.ศ. 2492 มีผู้นำของเขมรอิสระบางคนยอมรับข้อเสนอของฝรั่งเศสและยอมวางอาวุธ จึงแยกตัวออกไป ส่วนที่เหลือได้จัดตั้งขบวนการที่เน้นความรุนแรง กลุ่มของดาบ ฌวนได้ขับไล่กลุ่มของเซียว เฮง และกลุ่มฝ่ายซ้ายออกไป ปรับองค์กรเป็นคณะกรรมการปลดปล่อยแห่งชาติเขมรที่มีพระนโรดม จันทรังสีเป็นผู้นำกองทัพ ตู สามุตและฝ่ายซ้ายอื่นๆแยกไปจัดตั้งสมาคมเขมรอิสระ ที่มีความเกี่ยวข้องกับเวียดมิญมาก ต่อมา ดาบ ฌวนมอบตัวต่อฝ่ายฝรั่งเศส ส่วนพระนโรดม จันทรังสีแยกตัวไปเข้าร่วมกับฝ่ายขวาที่ต่อต้านราชวงศ์ของเซิง งอกทัญ คือกลุ่มเขมรเสรี