การต่อสู้ในฐานะองค์กรหนึ่งเดียวของเขมรอิสระมีความสำคัญในฐานะขบวนการชาตินิยมและขบวนการคอมมิวนิสต์ นอกจากจะเป็นเพราะสมาชิกในขบวนการนี้ ต่อมาได้เข้าร่วมกับระบอบสังคมของพระนโรดม สีหนุ และพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาในยุคต่อมาแล้ว ยังเป็นกลุ่มที่เน้นการสู้รบแบบกองโจร

ผู้นำเขมรอิสระที่นิยมฝ่ายขวาส่วนใหญ่จะเข้าร่วมกับกลุ่มของพระนโรดม สีหนุหลังจากได้รับเอกราช ดาบ ฌวนที่เคยมีอิทธิพลในเสียมราฐ ได้เข้าร่วมกับพระนโรดม สีหนุ และต่อมาถูกประหารชีวิตใน พ.ศ. 2502 หลังจากถูกกล่าวหาว่ามีส่วนร่วมในการวางแผนก่อรัฐประหาร[2] กลุ่มฝ่ายขวาที่ไม่เข้าร่วมกับพระนโรดม สีหนุคือกลุ่มเขมรเสรีของเซิง งอกทัญที่ต่อต้านราชวงศ์ ผู้นำฝ่ายทหารส่วนใหญ่ของเขมรอิสระเข้าร่วมกับพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาระหว่างสงครามกลางเมืองกัมพูชา และรวมเข้ากับกัมพูชาประชาธิปไตยของเขมรแดงใน พ.ศ. 2519