แม่น้ำบางปะกงเป็นพื้นที่ราบลุ่มขนาดประมาณ 17,600 ตารางกิโลเมตร (ประมาณ 11 ล้านไร่) โดยมีต้นกำเนิดมาจากแม่น้ำนครนายกและแม่น้ำปราจีนบุรีไหลมาบรรจบกันบริเวณอำเภอบ้านสร้าง จังหวัดปราจีนบุรี และอำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา เมื่อพื้นที่ราบลุ่มมีการพัฒนามากขึ้น โดยเฉพาะในส่วนของการเกษตร ทำให้ความต้องการน้ำจืดมีสูงขึ้น จึงมีการกำหนดแผนพัฒนาลุ่มน้ำบางปะกง โดยมีวัตถุประสงค์ในการกักเก็บปริมาณน้ำจืดและป้องกันน้ำเค็ม โดยรัฐบาลให้ความสำคัญกับในการพัฒนาเขื่อนบางปะกง และอ่างเก็บน้ำคลองสียัดเป็นอันดับต้น ๆ ของโครงการ เพื่อใช้ในการรักษาน้ำจืดสำหรับอุปโภคบริโภค ภาคการเกษตรและอุตสาหกรรม จึงได้มีการวางแผนศึกษาการพัฒนาร่วมกันเมื่อปี พ.ศ. 2533 กับองค์การความร่วมมือระหว่างประเทศแห่งญี่ปุ่น หรือ JICA[1]

สภาพปัญหาหลักก็คือ แม่น้ำบางปะกงประสบปัญหาน้ำเค็มหนุนสูง เมื่อหมดฤดูฝนในช่วงเดือนพฤศจิกายนของทุกปี ปริมาณน้ำจืดที่ไหลลงมาน้อย ทำให้น้ำเค็มนั้นหนุนขึ้นไปถึงจังหวัดปราจีนบุรี สามารถวัดค่าความเค็มบริเวณที่ตั้งเขื่อนบางปะกงได้ถึง 20 ppt หรือเกลือ 20 กรัมต่อน้ำ 1 ลิตร เมื่อถึงช่วงฤดูฝนในช่วงเดือนพฤษภาคม น้ำจืดจะไหลดันน้ำเค็มกลับไปยังปากแม่น้ำบางปะกง เป็นประจำทุก ๆ ปี รวมถึงบางครั้งมีปริมาณมากจนกระทั่งไหล่บ่าท่วมพื้นที่ริมฝั่งแม่น้ำ[1] จึงสามารถใช้ประโยชน์จากน้ำจืดได้เพียงช่วงเดือนกรกฎาคม - ตุลาคม (4 เดือน) เท่านั้น จึงได้มีแนวคิดในการสร้างเขื่อนบางปะกงขึ้นมาเพื่อกักเก็บน้ำจืดไว้สำหรับการอุปโภคบริโภคและป้องกันการหนุนสูงของน้ำเค็ม[2]

โครงการเขื่อนบางปะกง ได้รับการอนุมัติในหลักการและเริ่มก่อสร้างในปี พ.ศ. 2539 แล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2542 ใช้งบประมาณทั้งสิ้นประมาณ 5,232 ล้านบาท ซึ่งรวมค่าที่ดินที่ใช้ในการเวนคืนแล้ว 900 ล้านบาท และเริ่มเปิดปิดประตูเขื่อนเมื่อวันที่ 6 มกราคม พ.ศ. 2543