หลังจากเริ่มใช้งานเขื่อนด้วยการเปิดปิดประตูน้ำเมื่อวันที่ 6 มกราคม พ.ศ. 2543 ก็ประสบปัญหาขึ้นมา 2 ปัญหาในคราวแรก คือ ปัญหาแรก การคาดว่าจะสามารถเปิดปิดประตูเพื่อเก็บกักน้ำจืดสำหรับการอุปโภคบริโภคบริเวณเหนือเขื่อน แต่กลับเกิดปัญหาน้ำเน่าเสียขึ้นมาแทน เนื่องจากน้ำไม่มีการไหลเวียน และปัญหาที่สอง การปิดประตูเขื่อนในคืนข้างแรมที่เกิดน้ำลด ทำให้บริเวณใต้เขื่อนไม่มีน้ำหล่อเลี้ยงอยู่ ทำให้เกิดการพังทลายของตลิ่งริมฝั่งแม่น้ำ เมื่อถึงข้างขึ้น น้ำก็จะล้นและเข้าท่วมบ้านเรือนและคลองต่าง ๆ ทำให้เกิดความเสียหายต่อพืชผลทางการเกษตรของพื้นที่ใต้เขื่อน ซึ่งมีผู้ได้รับผลกระทบในพื้นที่ท้ายเขื่อนกว่า 65,590 คนจากพื้นที่ 17 ตำบลในจังหวัดฉะเชิงเทรา[3]

เนื่องจากปัญหานี้เอง ทำให้ช่วงแรก กรมชลประทานจึงจำเป็นต้องเปิดประตูระบายน้ำ เพื่อบรรเทาความเดือนร้อนของประชาชนที่ได้รับผลกระทบ[3]

จากการศึกษาของอาจารย์นวนน้อย ตรีรัตน์ อาจารย์คณะเศรษฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และคณะ[3] พบว่าเขื่อนบางปะกงส่งผลกระทบแบ่งออกเป็น 2 ด้านใหญ่ ๆ คือ

• ผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อม ประกอบไปด้วย
  • ผลกระทบด้านคุณภาพน้ำ พบว่ามีการปนเปื้อนสารอินทรีย์สูง เกิดจากการสร้างเขื่อนทำให้ทิศทางการไหลของน้ำเปลี่ยนผิดไปจากธรรมชาติ ในส่วนของเหนือเขื่อน เนื่องจากน้ำบริเวณเหนือเขื่อนมีการไหลที่ช้าลงจนเกือบหยุดนิ่ง ก่อให้เกิดปัญหาเน่าเสียของน้ำจนไม่สามารถใช้ในการผลิตน้ำประปาหรือในอุตสาหกรรมได้ และส่วนของใต้เขื่อนเกิดปัญหาน้ำเค็มรุกล้ำเข้ามาเร็วขึ้น เนื่องจากขาดน้ำจืดลงไปผลักดันตามธรรมชาติ รวมไปถึงระยะการขึ้นลงของน้ำสั้นกว่าเดิม ทำให้สิ่งปนเปื่อนถูกถ่ายเทลงทะเลได้ช้างลงกว่าสภาพเดิมตามธรรมชาติ ทำให้เกิดการสะสมของสิ่งปนเปื้อนจนอาจทำให้เกิดปัญหาน้ำเน่าเสียแบบแม่น้ำเจ้าพระยาตอนล่าง โดยปนเปื้อนสารอินทรีย์และโลหะหนักสูง ออกซิเจนในน้ำมีต่ำ มีผลต่อการเลี้ยงสัตว์น้ำหรือสัตว์น้ำในแม่น้ำ ส่งผลกระทบไปถึงลำคลองที่เชื่อมต่อกับแม่น้ำที่น้ำในแม่น้ำไม่สามารถช่วยเจือจางน้ำเสียจากชุมชนหรือโรงงานอุตสาหกรรมที่ปล่อยลงมาในลำคลองนั้นได้
  • ผลกระทบด้านการพังทลายของดิน เกิดการพังทลายของตลิ่งอย่างรุนแรงในพื้นที่ท้ายเขื่อน เนื่องจากความแตกต่างของภาวะน้ำขึ้นน้ำลงที่ผิดธรรมชาติของการปิดประตูเขื่อน ทำให้ตลิ่งขาดความมั่นคงเพราะปริมาณน้ำลงและน้ำขึ้นแตกต่างกันเกินไป ทำให้มีการพังทลายและทรุดตัวของตลิ่ง
  • ผลกระทบด้านสัตว์น้ำ ชาวบ้านในพื้นที่ลุ่มน้ำระบุว่าระบบนิเวศทั้งหมดสูญเสีย เพราะปัญหาการเน่าเสียของน้ำ อันเนื่องมาจากการไหลเวียนของน้ำที่ช้าลง ออกซิเจนในน้ำจึงลดลง ปลาที่เคยมีอยู่ในแม่น้ำกว่า 350 ชนิด สูญหายไปกว่า 100 ชนิด ทำให้ชาวบ้านต้องใช้วิธีซึ่งซ้ำเติมระบบนิเวศมากขึ้นในการพยายามจับสัตว์น้ำมาเลี้ยงครอบครัว เช่น การโรยยาเขย่ากุ้งกับปลาขึ้นมา
  • ผลกระทบต่อพันธุ์ไม้น้ำ มีพันธุ์ไม้น้ำอย่างสาหร่ายพุงชะโด และผักตบชวาเกิดขึ้นอย่างหนาแน่นในแม่น้ำจนปิดผิวน้ำ ทำให้แสงไม่สามารถส่องลงไปด้านล่าง ทำให้แพลงตอนพืชไม่เติบโต และพันธุ์ไม้น้ำบางชนิดเป็นตัวกลาง (host) ของพยาธิหลายชนิดที่ติดต่อสู่ และส่งผลต่อประสิทธิภาพการระบายน้ำ
  • ผลกระทบต่อทรัพยากรป่าไม้ เนื่องจากบริเวณที่ก่อสร้างเขื่อนมีป่าชายเลนขึ้นอยู่เป็นแนวแคบ ๆ เมื่อสร้างเขื่อนเสร็จทำให้ไม่มีน้ำไหลผ่าน ทำให้พื้นที่ดังกล่าวตื้นเขินจนสูญเสียพื้นที่ป่าชายเลน ทำให้เกิดการชะล้างของดินง่ายขึ้นหลังมีการเปลี่ยนแปลงสภาพ
• ผลกระทบด้านเศรษฐกิจ เนื่องจากระยะเวลาดำเนินโครงการตั้งแต่ปี พ.ศ. 2532 จนกระทั้งถึงปีที่ศึกษา คือ พ.ศ. 2545 ก็ยังให้คำตอบไม่ได้ว่านานแค่ไหนเขื่อนแห่งนี้จะใช้งานได้อย่างคุ้มค่า และอาจจะสูญเสียงบประมาณอีกมากมายในการดูแล

การรับฟังปัญหา

หลังจากการเปิดใช้งานเขื่อนบางปะกงและมีผู้ได้รับผลกระทบข้างต้น กรมชลประทานจึงได้มีการศึกษาและแก้ไขปัญหาต่าง ๆ อาทิ การซ่อมแซมตลิ่งช่วงที่เสียหาย การขุดลอกคูคลองสาขาต่าง ๆ ของแม่น้ำบางปะกง การจัดทำโครงการบำบัดน้ำก่อนปล่อยของผู้เลี้ยงสุกร[1]

นอกจากนี้ยังมีการทำประชาพิจารณ์รับฟังความคิดเห็นจากประชาชนในพื้นที่ ผ่านการจัดประชุม 3 ขั้นตอน[1] คือ

1. สร้างความเข้าใจในการแก้ไขปัญหา ด้านของชลศาสตร์และระบบส่งน้ำ คุณภาพน้ำ อาชีพ และวิถีชีวิต ให้กับหน่วยงานที่รับผิดชอบ หัวหน้าส่วนราชการ และคณะกรรมการการจัดประชุม ในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546
2. สร้างความเข้าใจในการแก้ไขปัญหา เช่นเดียวกับครั้งแรก ให้กับผู้แทนภาคประชาชน ผู้แทนกลุ่มอาชีพ ผู้แทนสื่อมวลชน องค์กรอิสระเมื่อวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2546
3. จัดทำการรับฟังความคิดเห็นจากประชาชนที่ได้รับผลกระทบจากการสร้างเขื่อนบางประกง เมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2546 และได้ประเด็นในการแก้ไขปัญหามา 4 ด้าน คือ การแก้ไขปัญหาด้านชลศาสตร์ ปัญหาคุณภาพน้ำ วิถีชุมชนและอาชีพของคนในลุ่มน้ำบางปะกง และการใช้เขื่อนบางปะกงให้เกิดประโยชน์

แนวทางแก้ไขปัญหา

จากการรับฟังความคิดเห็นข้างตน กรมชลประทานและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องและภาคประชาชนได้ทางออกเกี่ยวกับการแก้ไขปัญหาแต่ละด้าน 4 ด้าน[1] คือ

1. การแก้ไขปัญหาด้านชลศาสตร์ ประชาชนร้อยละ 79 เห็นด้วยที่จะให้ดำเนินการควบคุมบังคับบานประตูระบายน้ำด้วยการหรี่บานประตู และชะลอน้ำเค็ม แทนที่การปิดแบบเต็มบาน เพื่อชะลอน้ำเค็มและใช้ประโยชน์จากน้ำจืดได้เต็มประสิทธิภาพ ปรับระดับน้ำให้ใกล้เคียงกับธรรมชาติที่สุด คือการควบคุมระดับน้ำท้ายเขื่อนให้อยู่ในระดับ +1 และ -1.05 เมตรจากระดับทะเลปานกลาง[2] รวมถึงติดตั้งระบบโทรมาตรเพิ่มเพื่อติดตามระดับน้ำ ระดับความเค็ม และคุณภาพน้ำ และติดตั้งระบบตรวจระบบน้ำในพื้นที่เสี่ยงตลิ่งทรุดตัวและน้ำท่วม
2. การแก้ไขปัญหาคุณภาพน้ำ ประชาชนร้อยละ 76 เห็นด้วยที่จะขยายทางระบายน้ำบนเขื่อนกั้นลำน้ำเดิม ขุดลอกลำน้ำเดิม และดำเนินการกำจัดผักตบฉวา พร้อมทั้งให้กรมปศุสัตว์กำกับการปรับปรุงคุณภาพน้ำก่อนปล่อยลงสู่แหล่งน้ำของฟาร์มเลี้ยงหมู และกรมประมงส่งเสริมการเลี้ยงกุ้งกุลาดำแบบระบบปิด
3. อาชีพและวิถีชีวิตลุ่มน้ำบางปะกง ประชาชนร้อยละ 76 เห็นด้วยให้สร้างแพสำหรับใช้แห่หลวงพ่อโสธรทางน้ำขึ้นไปถึงอำเภอบางคล้า และเห็นว่าการบริหารจัดการของเขื่อนไม่ได้ส่งผลกระทบอะไรต่อวิถีชีวิต
4. การใช้เขื่อนบางปะกงให้เกิดประโยชน์ ประชาชน 74 เห็นด้วยว่าการบริหารจัดการตามแนวทางข้างต้นที่มีมติออกมาจะทำให้ใช้ประโยชน์จากเขื่อนบางปะกงได้

การแก้ไขปัญหา

หลังจากดำเนินการตามแนวทางแก้ไขปัญหาที่ได้ทำประชาพิจารณ์แล้วนั้น สามารถช่วยลดปัญหาที่เกิดขึ้นได้ โดยเฉพาะการหรี่บานประตูระบายน้ำให้ระดับน้ำอยู่ในจุดที่กำหนดใกล้เคียงกับธรรมชาติที่สุด ที่ทำควบคู่กับการบริหารจัดการน้ำของอ่างเก็บน้ำที่อยู่เหนือเขื่อน ประกอบไปด้วย เขื่อนขุนด่านปราการชล อ่างเก็บน้ำคลองสียัด และอ่างเก็บน้ำอื่น ๆ รวมถึงข้อมูลจากระบบโทรมาตรในสถานีต่าง ๆ ทั้งเหนือเขื่อนและท้ายเขื่อน ข้อมูลจากกรมอุทกศาสตร์ กองทัพเรือ และข้อมูลทางอุทกวิทยาจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เพื่อควบคุมการทำงานของบานประตูระบายน้ำแบบอัตโนมัติในการควบคุมระดับน้ำเหนือเขื่อนและท้ายเขื่อน[1]

ส่วนของปัญหาด้านระบบนิเวศและสิ่งแวดล้อม หลังจากการดำเนินการแก้ไขปัญหา พบว่าระบบนิเวศกลับมาดีขึ้น มีความหลากหลายทางชีวภาพสูงขึ้นโดยเป็นระบบนิเวศในรูปแบบของน้ำกร่อย มีความอุดมสมบูรณ์ของทรัพยากรเพิ่มมากขึ้น พบแพลงตอนพืชที่อาศัยอยู่ในน้ำจืด รวมถึงค่าความเค็มกลับมาที่น้อยกว่า 1 ppt.[2] และใช้รูปแบบการหรี่ประตูในการควบคุมปริมาณน้ำจืดและน้ำเค็ม โดยไม่ได้ใช้งานตัวเขื่อนและประตูระบายน้ำอย่างเต็มประสิทธิภาพอย่างที่ออกแบบมาตั้งแต่ต้น[7]