ตามมติคณะรัฐมนตรี วันที่ 2 กันยายน 2523 มอบหมายให้การไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย (กฟผ.) ศึกษาความเหมาะสมของ "โครงการผันน้ำอิง-ยม-น่าน" หรือต่อมาชื่อ "โครงการผันน้ำกก-อิง-ยม-น่าน" ซึ่งมีเป้าหมายผันน้ำจากแม่น้ำโขง น้ำแม่อิง น้ำแม่กก มาไว้ในแม่น้ำยม ผลการศึกษาเขื่อนแก่งเสือเต้นของ กฟผ. เสนอให้ดำเนินการ 2 ระยะ คือ ระยะแรกให้ก่อสร้างโครงการแก่งเสือเต้นอเนกประสงค์ซึ่งมีความเหมาะสมด้านเศรษฐกิจ และระยะที่สองเป็นการเสริมความสูงและขยายกำลังผลิตกระแสไฟฟ้าจากปริมาณน้ำที่ผันมา ผลการศึกษาแล้วเสร็จในปี 2528 โครงการประกอบด้วยเขื่อนแก่งเสือเต้นระดับเก็บกักน้ำ 258 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง มีราษฎรได้รับความเดือดร้อนประมาณ 620 ครอบครัว[3]

จากนั้น กฟผ. โอนงานให้กรมชลประทานดำเนินการต่อ วันที่ 13 พฤษภาคม 2532 คณะรัฐมนตรีมีมติให้กรมชลประทานศึกษาทบทวนผลกระทบสิ่งแวดล้อมของโครงการ โดยกรมชลประทานได้ว่าจ้างมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ศึกษาและจัดทำรายงานผลกระทบสิ่งแวดล้อมเมื่อเดือนเมษายน 2534 และแผนแก้ไขผลกระทบสิ่งแวดล้อม ซึ่งเสร็จสมบูรณ์ในปี 2537 [3]

หลังผ่านกระบวนการเสนอหลายขั้นตอน เดือนกันยายน 2538 สำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อมยกเรื่องโครงการแก่งเสือเต้นให้คณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติพิจารณา โดยคณะกรรมการฯ มีมติให้ตั้งอนุกรรมการเฉพาะกิจพิจารณาแนวทางดำเนินโครงการ โดยโครงการจะใช้เป็นแหล่งเก็บกักน้ำ มีปริมาณน้ำเพียงพอสำหรับการเพาะปลูกและอุปโภคบริโภคในเขตพื้นที่จังหวัดแพร่ สุโขทัย พิษณุโลก พิจิตร, ควบคุมปริมาณน้ำให้อยู่ในระดับเหมาะสม, ตลอดจนแก้ปัญหาขาดแคลนน้ำในฤดูแล้ง[3]

22 เมษายน 2539 มีการชุมนุมของชาวบ้านเรียกร้องให้ยกเลิกโครงการ คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้ชะลอโครงการไปก่อน และอีกสิบกว่าปีต่อมา ในรัฐบาลอภิสิทธิ์ พลตรี สนั่น ขจรประศาสน์ รองนายกรัฐมนตรี มีการผลักดันโครงการดังกล่าวอีกครั้ง ซึ่งก็เผชิญกับเสียงคัดค้านที่ระบุว่าแก่งเสือเต้นเป็นพื้นที่ไม้สักทองผืนสุดท้ายของประเทศ แต่ทางพลตรีสนั่นว่า มีการตัดไม้สักทองไปหมดแล้ว และชี้แจงต่อไปว่า ข้อมูลการวิจัยจากมหาวิทยาลัยมหิดลศึกษาการพัฒนาโครงการแหล่งน้ำขนาดใหญ่เพื่อแก้ไขปัญหาน้ำแล้งและน้ำท่วมในบริเวณดังกล่าว มี 2 ทางเลือก คือ เขื่อนแก่งเสือเต้นและเขื่อนแม่น้ำยม แต่เขื่อนแก่งเสือเต้นเหมาะสมกว่าในแง่วิศวกรรมและเศรษฐกิจ[3] ระหว่างปี 2545-2551 การศึกษาพบว่า อุทกภัยอันเกิดแก่จังหวัดริมแม่น้ำยมสร้างความเสียหายมูลค่ากว่า 150,000 ล้านบาท[5]