ในประเทศญี่ปุ่น มีความเชื่อเกี่ยวกับเงือกมากมายเช่นเดียวกัน โดยเงือกเป็นโยไกหรือปิศาจจำพวกพรายน้ำอย่างหนึ่งตามความเชื่อของศาสนาชินโต ศาสนาพื้นเมืองของญี่ปุ่น เงือกในภาษาญี่ปุ่นเรียกว่า "นิงเงียว" (人魚, Nin-gyo) ความเชื่อหลักเกี่ยวกับการกินเนื้อเงือก คือ เมื่อในอดีต มีหญิงสาวคนหนึ่งได้ช่วยนางเงือกเอาไว้ที่ชายหาด นางเงือกซาบซึ้งบุญคุณของหญิงคนนั้น จึงให้กินเนื้อเงือกเป็นการตอบแทน แต่ทว่า อาถรรพณ์ของเนื้อเงือก จะทำให้ผู้ที่กินเข้าไปไม่แก่ไม่ตาย หญิงสาวผู้นั้นมีชีวิตอยู่อย่างไม่มีวันแก่ตาย ได้เห็นผู้คนรอบข้างตายไปทีละคนจนทนไม่ได้ จึงบวชเป็นชีชื่อ แม่ชีเบคุนิ

ปัจจุบัน ในประเทศญี่ปุ่น ตามวัดต่าง ๆ มักจะมีซากเงือกตั้งแสดงอยู่ เป็นของประหลาดและเป็นที่ตื่นตาสำหรับผู้ที่ได้พบเห็น แต่ทว่าซากของเงือกหรือสัตว์ประหลาดต่าง ๆ เหล่านี้ เป็นของปลอมที่ทำขึ้น โดยการนำเอาอวัยวะของสัตว์ชนิดต่าง ๆ มาปะผสมรวมกัน[7]