เมื่อสำเร็จการศึกษาจึงกลับมาเข้ารับราชการในกรมสหกรณ์ กระทรวงพาณิชย์และคมนาคม เคยดำรงตำแหน่ง สหกรณ์จังหวัดเชียงใหม่ เจ้าพงษ์อินทร์ ณ เชียงใหม่ กลับมาอยู่ที่คุ้มแจ่งหัวริน หรือคุ้มรินแก้ว (ปัจจุบันคือ โรงแรมเชียงใหม่ออคิดและห้วยแก้วเรสสิเด้นท์) ระหว่างทำงานที่เขียงใหม่ซึ่งเป็นคุ้มเจ้าแก้วนวรัฐโปรดให้สร้างขึ้นแต่เดิม ต่อมาพระราชชายาเจ้าดารารัศมีได้สร้างตึกใหญ่ในคุ้มรินแก้วให้เป็นเรือนหอในคราวสมรสครั้งแรกกับหม่อมตระการ บุนนาค (ทายาทเจ้าเมืองเพชรบุรี) ซึ่งได้คบหากันตั้งแต่อยู่อังกฤษ เมื่อกลับมาพำนักที่บ้านเกิดเป็นการถาวรได้ทำงานเป็นผู้บริหารกิจการกาดหลวงด้วยระบบธุรกิจสมัยใหม่ (ห้างหุ้นส่วนจำกัด) นอกจากนี้ยังได้อุทิศตนช่วยเหลืองานสาธารณกุศลด้วยทุนทรัพย์ส่วนตัวเสมอมา อาทิ

ให้การทำนุบำรุงกู่บูรพกษัตริย์และกู่จ้านายฝ่ายเหนือ ณ วัดสวนดอก โดยจัดตั้งมูลนิธิกู่เจ้าหลวงเชียงใหม่และเป็นผู้ริเริ่มพิธีดำหัวกู่

ให้การอุปถัมภ์ศาสนาในการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดต่าง ๆ ในเชียงใหม่ โดยเฉพาะวัดสวนดอกในคราวบูรณวิหารและพระธาตุเจดีย์วัดสวนดอกและได้จัดต้นผ้าป่าและกฐินถวายเป็นประจำทุกปี รวมถึงบูรณะปฏิสังขรณ์วัดพระธาตุดอยสุเทพและบันไดนาค

ให้การสนับสนุนการอนุรักษ์ศิลปวัฒนธรรมล้านนาซึ่งมีการรวมกลุ่มโดยคณะสตรีภาคเหนือโดยจัดตั้งสมาคมส่งเสริมวัฒนธรรมสตรีศรีล้านนาไทย โดยมีหม่อมจันทร์สม ณ เชียงใหม่ (ภรรยา)เป็นนายกสมาคม ปี พ.ศ. 2503 นอกจากนี้ในคราวพระราชพิธีบายศรีทูลพระขวัญ หม่อมจันทร์สม ณ เชียงใหม่ ยังเป็นผู้กำกับดูแลชุดเจ้านายฝ่ายเหนืออันเป็นต้นแบบสำหรับการศึกษาชุดสตรีเจ้านายฝ่ายเหนือในเวลาต่อมา รวมถึงให้การสนับสนุนการบูรณเสาร์หลักเมืองหออินทขิล วัดเจดีย์หลวง

บริจาคทุนทรัพย์ส่วนตัวสมทบทุนการสร้างประตูเมืองท่าแพ อนุสาวรีย์สามกษัตริย์ อาคารเทศบาลนครเชียงใหม่ อาคารสำนักงานสถานีดับเพลิงเทศบาลนครเชียงใหม่ อาคารพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เชียงใหม่(เจ็ดยอด)ให้ทุนสนับสนุนการศึกษาโรงเรียนวัดสวนดอก โรงเรียนยุพราชวิทยาลัยและโรงเรียนวัฒโนทัยพายัพ รวมถึงโรงพยาบาลมหาราชนครเชียงใหม่ (ชั้น ณ เชียงใหม่ ตึกสุจิณโน)และเป็นหนึ่งในผู้สนับสนุนการจัดสร้างสวนรุกขชาติมหาวิทยาลัยเชียงใหม่บนถนนห้วยแก้วโดยปลูกต้นสักก์ทองในพิธีเปิดสวน รวมถึงเป็นผู้สนับสนุนการจัดงานฤดูหนาวของจังหวัดเชียงใหม่เป็นประจำทุกปี

เป็นเจ้าภาพจัดพิธีบายศรีทูลพระขวัญต่อจากเจ้าราชบุตรวงศ์ตะวัน ณ เชียงใหม่ ถวายพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมวงศานุวงศ์ ตลอดจนพระราชอาคันตุกะจากต่างประเทศทั่วโลก อาทิ สมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 2 แห่งสหราชอาณาจักร สุลต่านแห่งมาเลย์เซีย สมเด็จพระราชาธิบดีแห่งสวีเดน และอีกหลายราชวงศ์ ด้วยความสามารถด้านภาษาอังกฤษและรู้ธรรมเนียมแบบตะวันตก จึงเป็นที่ไว้วางพระราชหฤทัยในพระเจ้าอยู่หัวในการออกรับพระราชอาคันตุกะอยู่เสมอ ณ พระตำหนักภูพิงค์ราชนิเวศ ดังปรากฏภาพถ่ายในหอจดหมายเหตุหลายฉบับ

ช่วงปี พ.ศ. 2490 ถึง พ.ศ. 2532 เจ้าพงษ์อินทร์ ณ เชียงใหม่ นับเป็นปูชนียบุคคลของจังหวัดเชียงใหม่ในการถวายงานพระบาทสมเด็จพระพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิจพระบรมราชินีนาถ พระบรมวงศานุวงศ์ทุกพระองค์ และช่วยเหลืองานกิจการสำคัญของเมืองเชียงใหม่ โดยเป็นที่เคารพรักของข้าราชการเมืองดังเห็นได้จากการที่ผู้ว่าราชการจังหวัดเชียงใหม่นำคณะนายอำเภอเข้าสักการะดำหัวในวันสงกรานต์เป็นประจำทุกปี และเป็นประธานงานพิธีการสำคัญของจังหวัดเชียงใหม่ ทั้งยังเป็นชาวเชียงใหม่คนแรกร่วมกับเจ้าพงษ์กฤษณ์ ณ เชียงใหม่ (หลานชาย) ที่ใช้ตู้ ATM เครื่องแรกของเชียงใหม่ในคราวเปิดธนาคารไทยพานิชย์สาขาท่าแพ อ.เมืองเชียงใหม่ ในปี พ.ศ. 2523

ช่วงสงครามโลกครั้งที่2 กองทัพทหารญี่ปุ่นได้ใช้คุ้มรินแก้วเป็นฐานทัพบัญชาการ เมื่อครั้งมีเครื่องบินทิ้งระเบิดฝ่ายสัมพันธมิตรมา เจ้าพงษ์อินทร์ ณ เชียงใหม่ยังมีบทบาทสำคัญในการรักษาสถานที่สำคัญในเมืองเชียงใหม่โดยฟันธงชาติญี่ปุ่นลงเพื่อให้รอดพ้นจากการทิ้งระเบิด[1]