เจ้าหญิงมาเรีย อเมเรียประสูติในวันที่ 1 ธันวาคม ค.ศ. 1831 ที่ปารีส[1][2] และทรงได้รับการประกอบพิธีล้างบาปและมีพระนามว่า มาเรีย อเมเลีย ออกัสตา ยูจีเนีย โจเซฟีนา ลุยซา เทโอโดลินดา อีลอย ฟรานซิสโก ซาเวียร์ เดอ เปาลา กาเบรียลา ราฟาเอลา กอนซากา[note 1] เจ้าหญิงทรงเป็นพระราชธิดาเพียงพระองค์เดียวในจักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล ดยุกแห่งบราแกนซา ที่ประสูติแต่เจ้าหญิงอเมลีแห่งเลาช์เทนเบิร์ก พระมเหสีพระองค์ที่สอง ผ่านทางพระราชบิดาเจ้าหญิงทรงเป็นพระบรมวงศานุวงศ์บราแกนซาสายบราซิล (ภาษาโปรตุเกส: Bragança) และทรงได้รับพระราชทานยศ "ดอนย่า" (ท่านหญิง)ตั้งแต่ประสูติ[3] พระองค์ทรงเป็นพระราชนัดดาในพระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส[4] พระราชมารดาของเจ้าหญิงมาเรีย อเมเลียเป็นพระธิดาในเออแฌน เดอ โบอาร์แน ดยุกแห่งเลาช์เทนเบิร์ก และเป็นพระโอรสเลี้ยงในจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 แห่งฝรั่งเศส ยูจีนอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงออกุสตาแห่งบาวาเรีย พระราชธิดาองค์โตในพระเจ้ามักซีมีเลียนที่ 1 โยเซฟแห่งบาวาเรีย[1]