พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส (โปรตุเกส: Dom João VI de Portugal, ออกเสียง: [ʒuˈɐ̃w̃]) มีพระนามเต็มว่า ฌูเอา มารีอา ฌูเซ ฟรังซิชกู ชาวีเอร์ ดึ เปาลา ลูอิช อังตอนีอู ดูมิงกุช ราฟาเอล ดึ บรากังซา (João Maria José Francisco Xavier de Paula Luís António Domingos Rafael de Bragança; 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2310 - 10 มีนาคม พ.ศ. 2369) ทรงเป็นพระมหากษัตริย์แห่งสหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิล และแอลการ์ฟ ตั้งแต่ พ.ศ. 2359 ถึง พ.ศ. 2365 ทรงปกครองสหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิลและแอลการ์ฟโดยพฤตินัย ในรัชสมัยของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระมารดาและทรงปกครองโดยนิตินัย ตั้งแต่ พ.ศ. 2365 ถึง พ.ศ. 2368 หลังจากการประกาศอิสรภาพบราซิลภายใต้สนธิสัญญารีโอเดจาเนโร (1825) และยังทรงดำรงเป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสและแอลการ์ฟสืบต่อจนกระทั่งเสด็จสวรรคตในปี พ.ศ. 2369 จากสนธิสัญญานี้พระองค์ทรงเป็นจักรพรรดิแห่งบราซิลเพียงในพระนาม ในขณะที่เจ้าชายเปดรู พระโอรสองค์โตของพระองค์ทรงเป็นจักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิลและทั้งสองพระองค์ทรงมีอำนาจทั้งทางพฤตินัยและนิตินัยในประเทศใหม่นี้พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกสประสูติที่กรุงลิสบอน ในปี พ.ศ. 2310 เป็นพระราชโอรสในพระเจ้าเปดรูที่ 3 แห่งโปรตุเกสกับสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส เดิมมีพระอิสริยยศเป็นเจ้าชายแห่งโปรตุเกส (มิใช่เจ้าชายรัชทายาท) พระองค์ทรงกลายเป็นองค์รัชทายาทเมื่อเจ้าชายฌูเซแห่งบราซิล พระเชษฐา สิ้นพระชนม์ในปี พ.ศ. 2331 จากพระโรคฝีดาษขณะมีพระชนมายุ 27 พรรษาก่อนที่พระองค์จะเสด็จครองราชสมบัติโปรตุเกส พระองค์ทรงดำรงพระอิสริยยศดยุคแห่งบรากังซา, ดยุคแห่งเบฌา และเจ้าชายแห่งบราซิล พระองค์ทรงรับตำแหน่งเจ้าชายผู้สำเร็จราชการแห่งโปรตุเกสในปี พ.ศ. 2342 (และหลังจากนั้นทรงเป็นเจ้าชายผู้สำเร็จราชการแห่งสหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิล และแอลการ์ฟในปี พ.ศ. 2358) อันเนื่องมาจากอาการประชวรทางพระสติของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 พระราชมารดา ในที่สุดเมื่อพระมารดาเสด็จสวรรคต พระองค์จึงได้ครองราชสมบัติสืบต่อเป็นพระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งจักรวรรดิโปรตุเกสโดยไม่มีการเปลี่ยนแปลงทางอำนาจมากนัก เนื่องจากพระองค์มีพระราชอำนาจเต็มที่ตั้งแต่ทรงเป็นผู้สำเร็จราชการแล้วพระองค์ทรงเป็นหนึ่งในตัวอย่างของระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ พระองค์ทรงดำรงพระชนม์ชีพในยุคที่มีแต่ความวุ่นวาย ในรัชกาลของพระองค์ไม่เคยมีความสงบสุขที่ยาวนาน ตลอดช่วงที่พระองค์ทรงดำรงตำแหน่งผู้สำเร็จราชการในพระนางมาเรียและเมื่อเป็นพระมหากษัตริย์แล้ว กลุ่มมหาอำนาจเช่น สเปน ฝรั่งเศส และบริเตนใหญ่ (ต่อมาเปลี่ยนเป็นสหราชอาณาจักร) ได้เข้ามาแทรกแซงกิจการภายในของโปรตุเกสอย่างต่อเนื่อง พระองค์จำต้องลี้ภัยไปยังบราซิลเมื่อกองทัพของจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 เข้ารุกรานโปรตุเกส ที่นั่นพระองค์ต้องทรงเผชิญหน้ากับการต่อต้านจากกลุ่มเสรีนิยมซึ่งสะท้อนให้เห็นถึงเหตุการณ์ในทำนองเดียวกันตามเมืองใหญ่ ๆ พระองค์ทรงถูกบังคับให้เสด็จกลับยุโรปท่ามกลางความขัดแย้งครั้งใหม่ การอภิเษกสมรสของพระองค์กับเจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนาแห่งสเปน ก็ไม่ได้สร้างความขัดแย้งไปน้อยกว่ากัน พระนางการ์โลตาทรงจุดประกายความขัดแย้งเพื่อต่อต้านพระสวามีเพื่อผลประโยชน์ของสเปน บ้านเกิดของพระนางเอง พระองค์ทรงสูญเสียบราซิลเมื่อเจ้าชายเปดรู พระโอรสได้ทรงประกาศเอกราช และพระโอรสอีกพระองค์คือ เจ้าชายมีเกลก็ทรงก่อกบฏเพื่อต่อต้านพระราชบิดา จากการศึกษาเมื่อเร็ว ๆ นี้พบว่า การสวรรคตของพระองค์เกิดจากการรับสารพิษจำพวกสารหนูอย่างไรก็ตาม ความยากลำบากเหล่านี้ทำให้พระองค์ทรงประกอบพระราชกรณียกิจไว้โดยเฉพาะในบราซิล พระองค์ทรงก่อตั้งสถาบันและการบริการต่าง ๆ ไว้มากมายซึ่งเป็นการวางรากฐานสู่การปกครองตนเอง และทรงได้รับการพิจารณาจากนักวิจัยหลาย ๆ คนว่าทรงเป็นผู้ริเริ่มโครงการให้บราซิลเป็นรัฐที่ทันสมัย อย่างไรก็ตาม พระองค์ทรงถูกบรรยายว่าเป็นผู้เกียจคร้าน ขาดไหวพริบทางการเมือง และทรงลังเลเป็นประจำและมีพระอุปนิสัยที่แปลกพิสดารบ่อยครั้ง