ในปี พ.ศ. 2328 เองรีกึ ดึ มึเนซิช มาร์ควิสที่ 3 แห่งโลรีซัลได้จัดพิธีอภิเษกสมรสระหว่างเจ้าชายฌูเอากับเจ้าหญิงการ์โลตา โคอากีนาแห่งสเปน พระราชธิดาในพระเจ้าการ์โลสที่ 4 แห่งสเปนกับพระราชินีมาเรีย ลุยซาแห่งปาร์มา เจ้าหญิงการ์โลตาเป็นพระราชนิกุลเยาว์วัยของราชวงศ์เช่นเดียวกับเจ้าชายฌูเอา ด้วยความกลัวว่าอาจจะเกิดสหภาพไอบีเรียขึ้นมาใหม่ บุคคลในราชสำนักโปรตุเกสบางคนจึงมองการอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงจากสเปนอย่างไม่พอใจนัก แม้ว่าเจ้าหญิงจะมีพระชนมายุเพียง 10 ชันษาในขณะนั้น แต่ก็มีพระบุคลิกที่ร่าเริงและพระกิริยาที่งดงาม เจ้าหญิงทรงต้องอดทนเป็นเวลาสี่วันจากการทดสอบของคณะทูตจากราชสำนักโปรตุเกสก่อนที่แผนการอภิเษกสมรสจะได้รับการยอมรับ ด้วยเหตุที่ว่าเจ้าชายฌูเอาและเจ้าหญิงการ์โลตาเป็นพระญาติใกล้ชิดกันและเนื่องจากเจ้าสาวยังทรงพระเยาว์ การอภิเษกสมรสครั้งนี้จึงต้องได้รับการอนุมัติเป็นกรณีพิเศษจากพระสันตะปาปาเสียก่อน หลังจากที่ได้รับการยินยอมแล้ว การอภิเษกสมรสได้มีการลงนามในท้องพระโรงของราชสำนักสเปน โดยมีพิธีอันยิ่งใหญ่และการร่วมมือจากพระราชอาณาจักรทั้งสอง ตามมาด้วยการอภิเษกสมรสโดยผ่านตัวแทน ตัวแทนของเจ้าชายฌูเอาคือพระราชบิดาของเจ้าสาวเอง ในคืนนั้นมีการจัดงานเลี้ยงฉลองรับรองผู้เข้าร่วมกว่า 2,000 คน[3]

เจ้าหญิงทรงได้รับพระราชทานพระราชวังวีลาวีโซซาในช่วงต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2328 และในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2328 ทั้งสองพระองค์ทรงได้รับศีลสมรสในโบสถ์น้อยของพระราชวัง ในเวลาเดียวกัน เจ้าหญิงมาเรียนา วิกตอเรียแห่งโปรตุเกส พระขนิษฐาของเจ้าชายฌูเอา ก็ทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าชายกาเบรียลแห่งสเปน ราชนิกุลในพระราชวงศ์สเปน จดหมายที่เจ้าชายฌูเอาทรงเขียนถึงเจ้าหญิงมาเรียนาในช่วงนั้นเผยให้เห็นว่าพระองค์ทรงระลึกถึงพระขนิษฐาเสมอ และทรงกล่าวเปรียบเทียบพระขนิษฐากับพระมเหสีของพระองค์ว่า "เจ้าหญิงทรงฉลาดมากและมีความยุติธรรมมาก ในขณะที่เธอไม่ใคร่มีนัก และพี่ก็ชอบหล่อนมาก แต่ไม่สามารถรักหล่อนได้อย่างเท่าเทียมกัน" ในอีกด้านหนึ่ง พระมเหสีของเจ้าชายทรงไม่ใช่คนว่านอนสอนง่ายนัก จึงต้องทรงขอให้สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาเข้ามาจัดการด้วยพระองค์เองอยู่หลายครั้ง นอกจากนี้ความแตกต่างกันระหว่างพระชนมายุ (เจ้าชายฌูเอามีพระชนมายุ 18 พรรษา) ก็ทำให้เจ้าชายทรงรู้สึกอึดอัดและวิตกกังวล เนื่องจากเจ้าหญิงการ์โลตายังทรงพระเยาว์มาก ทำให้การอภิเษกสมรสยังไม่สำเร็จบริบูรณ์ และเจ้าชายฌูเอาทรงเขียนว่า "นี่เป็นช่วงเวลาที่ข้าจะยังเล่นกับเจ้าหญิงได้ตลอด ถ้าสิ่งต่าง ๆ ยังคงดำเนินไปเช่นนี้ ข้าคิดว่าคงไม่มีอะไรเกิดขึ้นในอีก 6 ปีต่อจากนี้ ให้หล่อนเติบโตขึ้นกว่าตอนที่หล่อนมาถึงจะดีกว่า" ในความเป็นจริงนั้น ความสำเร็จบริบูรณ์ของการอภิเษกสมรสยังไม่มาถึงจนกระทั่งวันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2333 ในปี พ.ศ. 2336 เจ้าหญิงการ์โลตามีพระประสูติกาลบุตรพระองค์แรกในจำนวน 9 พระองค์คือ เจ้าหญิงมารีอา ตีเรซาแห่งไบรา[3]

เมื่อถึงช่วงเวลานั้น พระชนม์ชีพของเจ้าชายที่ดำเนินมาอย่างปรกติสุขก็สิ้นสุดลงเมื่อเจ้าชายฌูเซ พระเชษฐา ได้สิ้นพระชนม์ในวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2331 ส่งผลให้เจ้าชายฌูเอาทรงกลายเป็นรัชทายาทในราชบัลลังก์ และทรงได้รับพระอิสริยยศเจ้าชายแห่งบราซิลและดยุคแห่งบรากังซาพระองค์ที่ 15[4] ได้เคยมีการฝากความหวังที่ยิ่งใหญ่ไว้กับเจ้าชายฌูเซ ผู้ทรงมีความเกี่ยวข้องกับแนวคิดเรืองปัญญาที่กำลังก้าวหน้า พระองค์ทรงได้รับการวิจารณ์จากนักบวชเนื่องจากทรงมีความโน้มเอียงไปทางนโยบายต่อต้านศาสนจักรของมาร์ควิสแห่งปงบัล ในทางกลับกัน เป็นที่ทราบกันดีว่าเจ้าชายฌูเอาทรงเลื่อมใสในศาสนาและทรงนิยมระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ วิกฤตการณ์สืบราชบัลลังก์ได้รุนแรงขึ้นหลังการเสียชีวิตของอิกนาซีอู ดึ เซา ไกตานู อาร์ชบิชอปแห่งเทสซาโลนิกา ซึ่งเป็นพระผู้ฟังคำสารภาพของพระราชินีนาถและเป็นผู้มีอำนาจทางการเมืองคนหนึ่ง โดยมีอิทธิพลต่อการคัดเลือกคณะรัฐมนตรีในสมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่นิยมเจ้าชายฌูเอา แม้จะไม่ปราศจากการต่อต้านอย่างแข็งขันจากกลุ่มขุนนาง (fidalgo) คนสำคัญที่ต้องการก้าวขึ้นสู่ตำแหน่งดังกล่าวเช่นกัน นอกเหนือจากนั้น ในปีหลังการเสียชีวิตของบุคคลเหล่านี้ เจ้าชายฌูเอาทรงพระประชวรจนเกือบจะสิ้นพระชนม์ พระองค์ทรงหายจากพระอาการประชวรไปแล้ว แต่ในปี พ.ศ. 2334 พระองค์ทรงพระประชวรอีกครั้ง โดยมี "พระโลหิตไหลออกจากพระโอษฐ์และพระอันตะ (ลำไส้)" ตามบันทึกของอนุศาสนาจารย์ของมาร์ควิสแห่งมารีอัลวา ซึ่งยังกล่าวเพิ่มเติมด้วยว่าจิตใจของพระองค์หดหู่อยู่เสมอ เหตุการณ์นี้ได้สร้างบรรยากาศแห่งความตึงเครียดและความไม่แน่นอนต่อราชบัลลังก์ของพระองค์ในอนาคต[5]