เจ้าชายฌูเอาประสูติที่กรุงลิสบอน ในวันที่ 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2310 ในรัชสมัยของพระเจ้าฌูเซที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระอัยกา เป็นพระราชโอรสพระองค์ที่สองในเจ้าหญิงมารีอา (ว่าที่พระราชินีนาถมารีอาที่ 1 ในอนาคต) กับเจ้าชายเปดรู ผู้มีศักดิ์เป็นพระปิตุลาของพระนางเอง (ว่าที่พระเจ้าเปดรูที่ 3 ในอนาคต) ในช่วงที่เจ้าชายฌูเอาประสูตินั้น เจ้าหญิงมารีอาทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าหญิงแห่งบราซิล และเจ้าชายเปดรูทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าชายแห่งโปรตุเกส พระเจ้าฌูเซที่ 1 พระอัยกาได้เสด็จสวรรคตและพระมารดาทรงสืบราชบัลลังก์เป็นสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกสขณะที่เจ้าชายมีพระชนมายุ 10 ชันษา ในวัยเยาว์ของพระองค์ ทรงดำรงพระชนม์ชีพอย่างเงียบ ๆ และพระองค์ทรงดำรงพระอิสริยยศเพียงชั้นเจ้าฟ้าชายภายใต้ร่มเงาของพระเชษฐา คือ เจ้าชายฌูเซ ซึ่งดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าชายแห่งบราซิลและดยุคแห่งบรากังซาพระองค์ที่ 14 ซึ่งเป็นรัชทายาทในราชบัลลังก์ มีเสียงเล่าลือกันว่าในวัยเยาว์ พระองค์มีพระอุปนิสัยที่ค่อนข้างหยาบคาย แต่ฌอร์ฌึ ปึไดรรา อี กอชตา ยืนยันว่าพระองค์ทรงได้รับการอบรมที่เข้มงวดเช่นเดียวกับเจ้าชายฌูเซ อย่างไรก็ตาม ทูตฝรั่งเศสในขณะนั้นก็ให้นิยามพระองค์ด้วยคำที่ไม่พึงประสงค์ โดยมองว่าพระองค์มีพระอุปนิสัยโลเลและพระสติปัญญาทึบ เรื่องราวเกี่ยวกับพระชนม์ชีพในช่วงนี้ได้รับการบันทึกไว้อย่างคลุมเครือเกินกว่าที่นักประวัติศาสตร์จะสรุปตัวตนของพระองค์ไปในทางใดทางหนึ่งได้[1]

จากข้อมูลที่ยึดถือกันมาแต่ดั้งเดิม พระอาจารย์ของพระองค์ในด้านศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ประกอบด้วยบาทหลวงมานูเอล ดู เซนากูลู, บาทหลวงอังโตนีอู ดูมิงเกช ดู ปาซู และบาทหลวงมีเกล ฟรังซีนี พระอาจารย์ด้านดนตรีของพระองค์คือฌูเอา กูร์ไดรู ดา ซิลวา นักออร์แกน และฌูเอา โซซา ดึ การ์วัลยู นักประพันธ์เพลง ส่วนพระอาจารย์ด้านการทรงม้าของพระองค์คือ หัวหน้าทหารรักษาการณ์การ์ลุช อังโตรีอู ฟึไรรา มงตึ เนื้อหาสาระที่พระองค์ทรงศึกษาในแต่ละด้านไม่เป็นที่ทราบกันมากนัก แต่แน่นอว่าพระองค์ต้องทรงได้รับการศึกษาเรื่องศาสนา กฎหมาย ภาษาฝรั่งเศส และธรรมเนียมปฏิบัติ และสันนิษฐานว่าพระองค์คงจะทรงศึกษาประวัติศาสตร์จากผลงานของดูอาร์ตึ นูนึช ดึ ลึเอา และฌูเอา ดึ บารุช[2]