พระบรมสาทิสลักษณ์พระเจ้าฌูเอาที่ 6 ทรงฉลองพระองค์สำหรับการสรรเสริญในฐานะพระมหากษัตริย์ ภาพวาดโดย ฌอง-แบ็ฟติสท์ เดอเบรต์

สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระราชมารดาของเจ้าชายฌูเอาเสด็จสวรรคตในวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2359 สิริพระชนมายุ 81 พรรษา ครองสิริราชสมบัติรวมระยะเวลา 39 ปีด้วยพระอาการสติวิปลาสเกือบตลอดรัชกาล ซึ่งทรงดำรงพระชนม์ชีพยืนยาวที่สุดในบรรดากษัตริย์โปรตุเกสนับตั้งแต่สถาปนาราชอาณาจักรโปรตุเกส การสวรรคตของพระนางเป็นการเปิดทางให้แก่ผู้สำเร็จราชการในการขึ้นครองราชสมบัติ แต่พระองค์ทรงเริ่มปกครองในฐานะกษัตริย์ตั้งแต่วันนั้น พระองค์ไม่ทรงได้อุทิศพระองค์ในฐานะกษัตริย์โดยทันทีและทรงได้รับการสรรเสริญเท่านั้นในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2361 ด้วยงานเฉลิมฉลองอย่างใหญ่โต[10] ขณะที่พระราชกรณียกิจหลากหลายได้ประดามาล่วงหน้าก่อนแล้ว สมเด็จพระราชินีการ์โลตา โคอากีนาผู้ทะเยอทะยาน ทรงริเริ่มวางแผนการลับเพื่อต่อต้านความสนใจของประชาชนชาวโปรตุเกสในขณะที่ทรงประทับอยู่ในยุโรป และในเวลาอันสั้นหลังจากการมาถึงของพระนางในบราซิล ทรงทำการก่อตั้งและสนับสนุนกองทหารสเปนและนักชาตินิยมในดินแดนรีโอเดลาปลาตา(ปัจจุบันคือ อาร์เจนตินาและอุรุกวัย) ด้วยทรงปรารถนาในการเพิ่มพระราชอำนาจของพระนางเอง บางครั้งทรงปรารถนาเป็น ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์แห่งสเปน บางครั้งทรงปรารถนาเป็น สมเด็จพระราชินีนาถแห่งราชาธิปไตยใหม่ที่ประดิษฐานโดยการสนับสนุนจากอาณานิคมสเปนในทวีปอเมริกาใต้ บางครั้งทรงปรารถนาที่จะถอดถอนพระสวามีออกจากราชบัลลังก์ นี่แสดงให้เห็นว่าการอภิเษกสมรสของพระเจ้าฌูเอาซึ่งมีความหมายที่เป็นไปไม่ได้ ทั้ง ๆ ที่ทรงแสดงท่าทีที่อดทนอดกลั้น และทรงพยายามบังคับให้ทั้งสองพระองค์ปรากฏพระองค์ร่วมกันในที่สาธารณะ ในขณะที่พระนางการ์โลตาทรงได้รับการสนับสนุนจากผู้เห็นใจจำนวนมาก แผนการของพระนางมักล้มเหลวอย่างไม่แตกต่าง ทั้ง ๆ ที่พระนางทรงประสบความสำเร็จในการแทรกแซงอิทธิพลของพระสวามีโดยทรงมีส่วนร่วมโดยตรงในการเมืองอาณานิคมของสเปน นำไปสู่การเข้ายึดครองเมืองมอนเตวิเดโอในปี พ.ศ. 2360 และการผนวกแคว้นคิสพลาตินาในปี พ.ศ. 2364[46][47]

ในช่วงเวลาเดียวกัน ก็ได้เกิดปัญหาขึ้นคือการจัดหาพระชายาแก่องค์รัชทายาทของพระองค์ ซึ่งในอนาคตคือ จักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล ยุโรปในขณะนั้นได้พิจารณาเกี่ยวกับบราซิลว่าเป็นดินแดนห่างไกล, ล้าหลังและไม่ปลอดภัย ดังนั้นมันไม่ง่ายเลยที่จะจัดหาคู่สมรสที่เหมาะสม หลังจากปีแห่งการเสาะหา ราชทูต เปดรู ฌูเซ โจอาคิม วิโต เดอ เมเนเซส เคาทินโฮซึ่งดำรงยศเป็นมาควิสแห่งมาเรียลวา ท้ายที่สุดได้เสนอให้ผูกสัมพันธ์กับหนึ่งในราชวงศ์ที่ทรงอำนาจที่สุดในยุโรป นั่นก็คือ ราชวงศ์ฮับส์บูร์กในจักรพรรดิแห่งออสเตรีย หลังจากได้มีการรับประกันจากราชสำนักออสเตรียด้วยสิทธิต่าง ๆ มากมาย, แสดงพิธีการที่เอิกเกริก และการแบ่งสรรปันส่วนทองคำแท่งและเครื่องเพชรจากชนชั้นสูง เจ้าชายเปดรูทรงอภิเษกสมรสกับอาร์ชดัชเชสมาเรีย ลีโอโพลดีนาแห่งออสเตรีย พระราชธิดาในจักรพรรดิฟรานซ์ที่ 1 แห่งออสเตรียกับเจ้าหญิงมาเรีย เทเรซา แห่งเนเปิลส์และซิซิลีส์ในปี พ.ศ. 2360[48] จักรพรรดิและรัฐมนตรีของพระองค์ คลีเมนซ์ ฟาน แมทเทอร์นิตช์ ได้พิจารณาการเจริญสัมพันธไมตรีครั้งนี้ว่า "เป็นแผนการที่เป็นประโยชน์ระหว่างยุโรปและโลกใหม่" เสริมสร้างความแข็งแกร่งยิ่งขึ้นในรัชกาลแห่งราชาธิปไตยของทั้งสองซีกโลกและได้นำออสเตรียเข้ามามีอิทธิพลในซีกโลกใหม่[49]

ขณะที่สถานการณ์ในโปรตุเกสยังไม่มีความสงบสุข จากการว่างกษัตริย์และการถูกทำลายล้างจากสงครามคาบสมุทร และเป็นผลกระทบให้เกิดผู้คนอดอยากจำนวนมากและการอพยพย้ายถิ่นฐานออกไปจำนวนมาก[50] จากการขับไล่การรุกรานของฝรั่งเศสครั้งสุดท้ายจากเมืองใหญ่ได้กลายการอารักขาโดยอังกฤษ ซึ่งควบคุมโดยนายพล วิลเลียม คารร์ เบเรสฟอร์ด ผู้ซึ่งปกครองด้วยกำปั้นเหล็ก ตั้งแต่พระเจ้าฌูเอาทรงสืบราชบัลลังก์ ชาวโปรตุเกสพยายามบีบบังคับให้พระองค์เสด็จกลับ เริ่มชักนำให้เกิดการจลาจลของพวกเสรีนิยม และการก่อตั้งองค์กรลับต่าง ๆ ด้วยเป้าหมายที่นำมาซึ่งการประชุมคอร์เตสโปรตุเกส (Portuguese Cortes) ซึ่งเป็นภาษาในยุคกลางหมายถึงตัวแทนของแคว้นต่าง ๆ ในโปรตุเกส ที่ซึ่งไม่ได้มีการพบปะกันอีกนับตั้งแต่พ.ศ. 2241 เหมือนกับพวกเสรีนิยมที่สร้างความวุ่นวายในบราซิล ในปี พ.ศ. 2360 เกิดกบฏเปร์นัมบูกันในเมืองเรซีฟี เป็นการเคลื่อนไหวของกลุ่มนิยมสาธารณรัฐที่ซึ่งทำการก่อตั้งรัฐบาลขึ้นเองในรัฐเปร์นัมบูกูและการกบฏก็ขยายวงกว้างไปทั่วบราซิล แต่ในที่สุดก็ถูกปราบลงอย่างราบคาบ กลับไปที่โปรตุเกส ในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2363 ได้เกิดการปฏิวัติเสรีนิยม พ.ศ. 2363 ที่เมืองโปร์ตู และได้ทำการก่อตั้งรัฐบาลเองที่ควบคุมโดยคณะผู้ยึดอำนาจการปกครอง และได้ส่งผลกระทบในลิสบอน ที่ซึ่งมีการเข้าพบ "นายพลเพื่อจุดประสงค์พิเศษ" (General Extraordinary) และ "กลุ่มคอร์เตสรัฐธรรมนูญ" (Constituent Cortes) หรือ Cortes Gerais Extraordinárias e Constituintes ได้จัดตั้งรัฐบาล และได้มารวมกันเพื่อทำการเลือกคณะผู้แทนโดยปราศจากการขอพระราชวินิจฉัยจากพระเจ้าฌูเอา การเคลื่อนไหวครั้งนี้ได้รับการสนับสนุนจากหมู่เกาะมาเดย์รา, อะโซร์สและครอบงำไปถึงกาว-ปาราและรัฐบาเยียในบราซิล นำมาด้วยการลุกฮือของกองทัพในนครริโอเดอจาเนโร[4]

ในวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2364 กลุ่มคอร์เตสได้มาประชุมกันที่ลิสบอนและมีพระราชกฤษฎีกาให้จัดตั้งสภาผู้สำเร็จราชการแผ่นดินเพื่อใช้อำนาจในพระนามของพระเจ้าฌูเอา ได้ปล่อยตัวนักโทษทางการเมืองจำนวนมากและเรียกร้องให้พระมหากษัตริย์เสด็จกลับ ในวันที่ 20 เมษายน พระเจ้าฌูเอาทรงเรียกประชุมขุนนางที่กรุงรีโอเพื่อทำการเลือกผู้แทนพระองค์ไปยังกลุ่มคอร์เตสรัฐธรรมนูญ แต่ในวันต่อมาเกิดการประท้วงที่จตุรัสและผู้ประท้วงถูกปราบปรามอย่างรุนแรง ในบราซิลได้มีความคิดเห็นส่วนใหญ่ต้องการให้พระมหากษัตริย์เสด็จกลับโปรตุเกสซึ่งหมายความว่าจะต้องละทิ้งบราซิลความเป็นเอกราชของบราซิลและลดสถานะของบราซิลให้กลับเป็นอาณานิคมของโปรตุเกสดังเช่นกาลก่อน ภายใต้กระแสความกดดัน พระเจ้าฌูเอาทรงดำเนินทางเป็นกลางโดยทรงส่งมกุฎราชกุมารเปดรู พระโอรสไปยังลิสบอนเพื่อให้เป็นผู้พระราชทานรัฐธรรมนูญและก่อตั้งรัฐบาลใหม่ขั้นพื้นฐาน อย่างไรก็ตามองค์มกุฎราชกุมารที่ซึ่งมีพระดำริในทางเสรีนิยมได้ปฏิเสธแผนการของพระราชบิดา วิกฤตการณ์ได้ทวีความรุนแรงยิ่งขึ้นและเป็นการยากที่จะหวนกลับไปสู่ระบอบเก่า พระเจ้าฌูเอามีพระบรมราชโองการสถาปนาให้มกุฎราชกุมารเปดรูเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ที่บราซิลและพระองค์เองได้เสด็จออกจากบราซิลเพื่อไปลิสบอนในวันที่ 25 เมษายน หลังจากทรงประทับในบราซิลมาเป็นเวลา 13 ปี แผ่นดินที่ซึ่งพระองค์ทรงดำริถึงทุกเมื่อเสมอมา[4][10][51]

เสด็จนิวัติโปรตุเกส

ภาพ พระเจ้าฌูเอาเสด็จนิวัติถึงท่าเรือลิสบอน

เรื่อพระที่นั่งได้นำพระเจ้าฌูเอาและราชสำนักถึงท่าลิสบอนในวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2364 การเสด็จนิวัติของพระองค์ถูกวิจารณ์ในพฤติกรรมที่บอกเป็นนัยว่าเป็นการบีบบังคับพระองค์มากกว่า แต่ในความเป็นจริงสภาพแวดล้อมของรัฐบาลใหม่ได้มีการก่อตั้งขึ้นแล้ว[4] มีการร่างรัฐธรรมนูญ และพระมหากษัตริย์ได้รับการปฏิญาณต่อรัฐธรรมนูญในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2365 ทรงยอมจำนนด้วยพระราชอำนาจที่หลากหลาย สมเด็จพระราชินีการ์โลตา โคอากีนาทรงปฏิเสธที่จะดำเนินการปฏิญาณตามพระราชสวามี และดังนั้นพระนางจึงถูกยึดพระราชอำนาจทางการเมืองและทรงถูกถอดถอนออกจากพระอิสริยยศ "สมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส" ขณะที่พระเจ้าฌูเอาทรงสูญเสียบราซิลไป พระโอรสของพระองค์ มกุฎราชกุมารเปดรูยังคงประทับอยู่ที่บราซิลและทรงก่อการกบฏในการประกาศอิสรภาพแห่งบราซิลในวันที่ 7 กันยายน พ.ศ. 2365 ทรงปราบดาภิเษกในพระอิสริยยศ "จักรพรรดิแห่งบราซิล"[10][52] เป็นจักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล ตามความเชื่อดั้งเดิมได้มีการกล่าวว่า ก่อนที่พระองค์จะเสด็จกลับโปรตุเกส พระเจ้าฌูเอาทรงตระหนักถึงเหตุการณ์ในอนาคตและตรัสกับพระโอรสว่า "เปดรูเอ๋ย บราซิลนั้นต่อไปจักต้องแยกออกจากโปรตุเกส ถ้าเป็นเช่นนั้น เจ้าต้องนำมงกุฎนั้นมาสวมที่หัวของเจ้าให้จงได้ก่อนที่พวกฉวยโอกาสคนหนึ่งคนใดจะได้มันไป" จากบันทึกความจำของเคานท์แห่งปาลเมลา ได้บันทึกว่า อิสรภาพแห่งบราซิลได้มาถึงโดยท่ามกลางข้อตกลงร่วมกันระหว่างพระมหากษัตริย์และองค์มกุฎราชกุมาร ในเหตุการณ์บางอย่าง หลังจากมีการติดต่อกันระหว่างทั้งสองพระองค์ได้แสดงให้เห็นว่าการกระทำของเจ้าชายรัชทายาทมิได้บั่นทอนทำลายความสัมพันธ์ของพระองค์กับพระราชบิดาเลย[53] อย่างไรก็ตามรัฐบาลโปรตุเกสในขณะนั้นไม่รับรองเอกราชของบราซิลอย่างเป็นทางการ[10]

พระบรมสาทิสลักษณ์พระเจ้าฌูเอาที่ 6 วาดโดย โดมินโกส อันโตนิโอ เดอ เซเควอิรา ในปี พ.ศ. 2364

รัฐธรรมนูญในทางเสรีนิยมที่ซึ่งให้พระมหากษัตริย์ทรงถวายสัตย์ปฏิญาณได้มีผลบังคับใช้เพียงไม่กี่เดือน ไม่มีประชาชนหรือผู้ใดในโปรตุเกสสนับสนุนลัทธิเสรีนิยม และมีการเคลื่อนไหวเพื่อเรียกร้องสมบูรณาญาสิทธิ์มากขึ้น ในวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2366 ที่แคว้นตรัส-โอส-มอนเตส อี อัลโต โดอูโร ฟรานซิสโก ซิลเวย์รา เคานท์แห่งอมันรันเตได้ประกาศสถาปนาสมบูรณาญาสิทธิราชย์ แต่ก็ไม่ได้ส่งผลกระทบที่เป็นรูปธรรมและกลับทำให้เกิดการปลุกปั่นครั้งใหม่ตามมา ในวันที่ 27 พฤษภาคม เจ้าชายมีเกลแห่งโปรตุเกส พระโอรสองค์หนึ่ง ทรงได้รับการสนับสนุนจากพระมารดา พระนางการ์โลตา โคอากีนา ให้ก่อการกบฏที่รู้จักในชื่อ วิลลาฟรานคาดา โดยมีความตั้งใจที่จะสถาปนาสมบูรณาญาสิทธิราชย์ พระเจ้าฌูเอาทรงเปลี่ยนพระทัยเห็นมาสนับสนุนพระโอรสเพื่อหลีกเลี่ยงการถูกปลดออกจากราชบัลลังก์ ซึ่งเป็นความปรารถนาสูงสุดในกลุ่มของพระราชินี และทรงปรากฏพระองค์เคียงข้างพระโอรสในวันเฉลิมพระชนมพรรษาของพระองค์เอง พระโอรสทรงฉลองพระองค์ของกลุ่มราชองครักษ์แห่งชาติ ซึ่งเป็นกลุ่มทหารที่เคยพยายามก่อรัฐประหารแต่ต้องถูกกำจัดโดยพวกเสรีนิยม การปรากฏของทั้งสองพระองค์ได้รับการสรรเสริญจากกองทัพ พระเจ้าฌูเอาเสด็จเป็นการส่วนพระองค์ไปยังเขตวิลลา ฟรานกา เดอ ซีราที่ซึ่งง่ายต่อการจัดการให้ประชาชนลุกฮือ ท้ายที่สุดเสด็จกลับลิสบอนด้วยความสำเร็จ สถานการณ์ทางการเมืองยังคงแปรปรวนและแม้แต่ผู้ที่ทำการปกป้องลัทธิเสรีนิยมอย่างเข้มแข็งยังเกรงกลัวที่จะตัดสินใจว่าจะอยู่ฝ่ายใด ก่อนการสลายตัว กลุ่มคอร์เตสได้ทำการประท้วงต่อต้านการเปลี่ยนแปลงรัฐธรรมนูญที่ได้รับการยอมรับแล้วก่อนหน้านี้ แต่แล้วสมัยแห่งสมบูรณาญาสิทธิ์ได้มีการฟื้นฟู[10][54] พระราชอำนาจและพระอิสริยยศของสมเด็จพระราชินีได้รับการฟื้นคืนอีกครั้งและพระมหากษัตริย์ทรงได้รับการสรรเสริญเป็นครั้งที่สองในวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2366 พระเจ้าฌูเอาทรงใช้พระราชอำนาจควบคุมปราบปรามผู้ประท้วงการฟื้นฟูพระราชอำนาจครั้งนี้ ทรงเนรเทศผู้นิยมลัทธิเสรีนิยมออกจากประเทศและทำการจับกุมบุคคลอื่น ๆ มีพระราชโองการให้ฟื้นฟูคณะตุลาการและสถาบันต่าง ๆ จำนวนมากด้วยระบอบการเมืองในทิศทางใหม่และทรงจัดตั้งคณะกรรมาธิการในการร่างกฎบัตรใหม่ขึ้นพื้นฐานเพื่อแทนที่รัฐธรรมนูญ[54][55]

สัมพันธภาพของพระองค์กับเจ้าชายมีเกล พระโอรสกลับไม่สามารถดำรงได้ อันเนื่องมาจากอิทธิพลของพระมารดาเข้าแทรกแซง เจ้าชายมีเกลทรงก่อการกบฏเมษายน หรือ Abrilada โดยกองทหารรักษาการณ์ในลิสบอนในวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2367 กลุ่มกบฏได้อ้างว่าเพื่อต้องการกำจัดองค์กรฟรีเมสันและป้องกันพระมหากษัตริย์จากแผนการลอบปลงพระชนม์ของพวกฟรีเมสันที่ซึ่งทำการต่อต้านพระองค์ แต่พระเจ้าฌูเอากลับทรงถูกนำพระองค์มาเพื่อคุ้มครองในพระราชวังเบงปอชตา นักการเมืองจำนวนมากที่เป็นศัตรูกับเจ้าชายมีเกลยังคงถูกจับกุมอยู่ที่ไหนสักแห่ง พระประสงค์ของเจ้าชายทรงต้องการขู่ให้พระราชบิดาสละราชบัลลังก์ มีการตื่นตัวถึงสถานการณ์ คณะเจรจาฝ่ายทหารได้ควบคุมและเข้าไปยังพระราชวังเบงปอชตา ได้บอกให้พระมหากษัตริย์ไม่ให้ทำการต่อต้านมาก และได้ฟื้นฟูอิสรภาพของพระมหากษัตริย์ ในวันที่ 9 พฤษภาคม จากคำปรึกษาของคณะทูตที่เป็นมิตรกัน พระเจ้าฌูเอาทรงแสร้งที่จะเสด็จประพาสเมืองคาซิเอส แต่ในความเป็นจริงพระองค์เสด็จไปหลบภัยในเรือรบของอังกฤษที่ซึ่งเทียบท่ารอพระองค์อยู่ พระองค์มีพระราชวินิจฉัยจากเรือเฮสเอ็มเอส วินเซอร์ คาสเซิลทรงกล่าวประณามพระโอรส มีพระบรมราชโองการปลดพระโอรสออกจากตำแหน่งสั่งการในกองทัพ และให้พระโอรสปล่อยนักโทษทางการเมือง เจ้าชายมีเกลทรงถูกเนรเทศ ด้วยการที่กลุ่มกบฏถูกกำจัด ทั้งกลุ่มเสรีนิยมและกลุ่มสมบูรณาญาสิทธิ์ได้ออกมายังถนนเพื่อเฉลิมฉลองการดำรงอยู่ของรัฐบาลที่ถูกต้องตามกฎหมาย[10][56] ในวันที่ 14 พฤษภาคม พระมหากษัตริย์เสด็จกลับพระราชวังเบงปอชตา มีพระบรมราชโองการแต่งตั้งสภารัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่งและทรงแสดงความเมตตาต่อผู้ที่เคยร่วมก่อการกบฏ แต่ก็ยังไม่มีการเตือนพระราชินีจากการก่อการสมคบคิด ตำรวจได้ค้นพบแผนการกบฏต่อไปในวันที่ 26 ตุลาคม และเป็นหลักฐานที่พระเจ้าฌูเอามีพระบัญชาให้จับกุมพระมเหสีโดยกักบริเวณแต่ในพระตำหนักที่พระราชวังหลวงเกลุช[10]

ยามบั้นปลายและการสวรรคต

พระบรมสาทิสลักษณ์พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส วาดโดย อัลเบอร์ตัส จาค็อบ ฟรานซ์ เกรกอเรียส ในปี พ.ศ. 2368

ในปลายรัชสมัยของพระเจ้าฌูเอามีพระบรมราชโองการเปิดเมืองท่าเสรีในลิสบอนแต่กฎหมายก็ไม่เป็นผล มีพระบรมราชโองการให้เพิ่มการไต่สวนในการสืบสวนในกรณีที่พระสหายเก่า มาควิสแห่งลูเลเสียชีวิต แต่คำพิพากษาสูงสุดไม่เคยได้รับการช่วยเหลือ ในวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2367 พระองค์ทรงพระราชทานอภัยโทษแก่ผู้ที่มีส่วนเกี่ยวพันกับการลุกฮือที่ปอร์โต ยกเว้นเจ้าหน้าที่เก้าคนได้ถูกเนรเทศ ในวันเดียวกันรัฐธรรมนูญฉบับเก่าแห่งพระราชอาณาจักรได้ถูกนำกลับมาบังคับใช้ และกลุ่มคอร์เตสได้เปิดประชุมเพื่อร่างฉบับใหม่ การเปลี่ยนรัฐธรรมนูญเป็นการเผชิญหน้ากับอุปสรรคมากมาย โดยเฉพาะอุปสรรคกับสเปนและกลุ่มผู้สนับสนุนในสมเด็จพระราชินี[57]

อย่างไรก็ตาม ปัญหาใหญ่ของโปรตุเกสในเวลานี้เกี่ยวข้องกับเอกราชของบราซิล จนกระทั่งแหล่งทรัพย์สินที่ใหญ่ที่สุดของประเทศ การสูญเสียบราซิลได้ส่งผลเสียทางเศรษฐกิจที่รุนแรงต่อโปรตุเกส ความตื่นตัวในการพยายามเอาชนะอดีตอาณานิคมได้รับการพิจารณา แต่แนวคิดนี้ต่อมาถูกละทิ้ง ความยากลำบากในการเจรจาต่อรองและการประชุมหารือในการรับรองจากยุโรปในรีโอเดจาเนโร ด้วยความเป็นกลางและแรงกดดันจากอังกฤษ ส่งผลในการรับรองเอกราชครั้งสุดท้ายในวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2368 ในเวลาเดียวกัน พระเจ้าฌูเอาทรงปลดปล่อยนักโทษชาวบราซิลและทรงอนุญาตให้สิทธิทางการค้าระหว่างสองชาติ ได้มีการยอมรับในเจ้าชายเปดรูปกครองในฐานะพระประมุขแห่งบราซิลด้วยพระอิสริยยศ "จักรพรรดิ" พระเจ้าฌูเอาทรงรักษาเกียรติยศของพระองค์ในฐานะจักรพรรดิแห่งบราซิลเพียงในพระนาม จากเวลานี้ พระองค์ทรงลงพระปรมาภิไธยลงในเอกสารในฐานะ "จักรพรรดิและพระเจ้าฌูเอาที่ 6" (Sua Majestade o Imperador e Rei Dom João VI) บราซิลได้รับเงินทุนบางอย่างที่ซึ่งบราซิลได้กู้ยืมมาจากโปรตุเกส ไม่มีสนธิสัญญาใดกล่าวถึงสิทธิในการสืบราชบัลลังก์ทั้งสอง แต่จักรพรรดิเปดรู ยังคงดำรงพระอิสริยยศในฐานะมกุฎราชกุมารแห่งโปรตุเกสและแอลการ์ฟ อย่างเป็นนัยว่าทรงเป็นรัชทายาทในราชบัลลังก์โปรตุเกส[10][57]

ในวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2369 พระเจ้าฌูเอาขณะเสด็จกลับจากพระอารามเฮียโรนิไมท์ และทรงเข้าบรรทมที่พระราชวังเบงปอชตาด้วยพระอาการน่าเป็นห่วง พระองค์ทรงเจ็บปวดทรมานหลายวันจากพระอาการต่าง ๆ รวมทั้งอาเจียนและการสั่นอย่างรุนแรง พระองค์ทรงปรากฏองค์ด้วยพระพลานามัยที่ดีขึ้นแต่ด้วยความรอบคอบ พระองค์ทรงลงพระปรมาภิไธยแต่งตั้งให้ เจ้าหญิงอิซาเบล มารีอาแห่งโปรตุเกส พระราชธิดาเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ในกลางคืนของวันที่ 9 มีนาคม พระอาการประชวรของพระองค์กลับแย่ลงและเสด็จสวรรคตในเวลาประมาณ 5 โมงเช้าของวันที่ 10 มีนาคม สิริพระชนมายุ 58 พรรษา เจ้าหญิงผู้สำเร็จราชการทรงยอมรับในทันทีทันใดภายในรัฐบาลของโปรตุเกสและจักรพรรดิเปดรูทรงได้รับการยอมรับในฐานะองค์รัชทายาทที่ถูกต้องตามกฎหมายในฐานะ พระเจ้าเปดรูที่ 4 แห่งโปรตุเกส แพทย์หลวงประจำราชสำนักยังไม่สามารถกำหนดเหตุการสวรรคตของพระเจ้าฌูเอาได้ในท้ายที่สุด แต่มีการสงสัยกันว่าทรงถูกวางยาพิษ พระวรกายของพระองค์ถูกตบแต่งและทำพระราชพิธีฝังพระศพที่สุสานหลวงแห่งกษัตริย์โปรตุเกส วิหารหลวงแห่งพระราชวงศ์บรากังซาในพระอารามเซา วิเซนเต เดอ ฟอรา[58] ในคริสต์ทศวรรษที่ 1990 คณะผู้ตรวจสอบได้ค้นพบและขุดหม้อเซรามิกทรงจีนขึ้นมาจากหลุมที่ซึ่งบรรจุพระอันตะ(ลำไส้)ของพระองค์ ชิ้นส่วนของพระหทัยของพระองค์ได้ถูกทำให้ชื้นและได้รับการตรวจสอบที่ซึ่งมีการพบปริมาณสารหนูปริมาณมากพอสำหรับฆ่าคนได้สองคน เป็นการยอมรับอย่างเป็นนัยว่าทรงถูกลอบปลงพระชนม์ด้วยยาพิษ[59][60]