เมื่อทรงพระเยาว์ขณะทรงดำรงเป็นเจ้าชายฌูเอา พระองค์มีพระบุคลิกภาพที่แตกต่างออกไป ทรงศรัทธาในศาสนาอย่างแรงกล้า ทรงดำรงพระชนม์ชีพท่ามกลางบาทหลวงและเข้าร่วมพิธีมิสซาในโบสถ์ประจำวัน อย่างไรก็ตาม โอลิเวียรา ลิมาได้ยืนยันว่าทรงค่อนข้างแสดงพระองค์ศรัทธาในศาสนาอย่างแรงกล้า สิ่งนี้ได้สะท้อนให้เก็นถึงวัฒนธรรมโปรตุเกสในยุคสมัยนั้นเพียงเท่านั้น และพระมหากษัตริย์...

....ทรงเข้าพระทัยในศาสนา ด้วยส่วนประกอบของขนบธรรมเนียมประเพณีและระเบียบวินัยทางศีลธรรม เท่านั้นสามารถเป็นประโยชน์สำหรับรัฐบาลที่ดีในรูปแบบ, การปกครองแบบบิดาและลักษณะเฉพาะของพระองค์ เพื่อราษฎรที่ซึ่งถูกปกครองสืบต่อด้วยพระราชอำนาจ เนื่องมาจากสิ่งนี้ พระองค์ทรงเป็นอย่างซ้ำ ๆ ในฐานะแขกของคณะสงฆ์และทรงอุปถัมภ์นักประพันธ์เพลงศาสนา แต่ก็มิได้ทรงถูกอธิบายว่าเป็นคนเจ้าสำราญและมีรสนิยมมีการยอมรับในอิสระของพระองค์ทางความคิดหรือทรงผิดธรรมชาติในการอดทนกับความกังขาของบุคคลอื่น ...พระองค์มักสร้างโรงครัวจำนวนมากในพระอารามและห้องสวดมนต์ เพราะว่า (ในเวลาต่อมา) เกี่ยวกับการปฏิบัติกิจทางศาสนาและใน(ก่อนหน้านี้)การคำนึงถึงศาสตร์ในการทำอาหาร และในระยะเวลาของการปฏิบัติกิจทางศาสนาทรงเน้นการปฏิบัติที่เพียงพอสำหรับพระองค์เอง ในห้องสวดมนต์หลวง พระองค์ทรงพอพระทัยอย่างยิ่งด้วยสติสัมปชัญญะจากนั้นทรงสวดมนต์ด้วยจิตวิญญาณ: andantes ทรงประทับนั่งสมาธิ[61]

พระองค์ทรงให้คุณค่ากับบทเพลงทางศาสนาอย่างมากและทรงเป็นนักอ่านที่ยอดเยี่ยมในงานทางศิลปะแต่พระองค์ไม่โปรดกิจกรรมการออกกำลังกายอย่างมาก พระองค์ทรงทุกข์ทรมานจากภาวะซึมเศร้าอย่างรุนแรงเป็นครั้งคราว[62] ซึ่งอาจจะทรงได้รับพันธุกรรมโรคนี้มาจากพระมารดาหรือพระอัยกา ทรงเกลียดชังในการเปลี่ยนแปลงกิจวัตรประจำวันรวมทั้งฉลองพระองค์ พระองค์ทรงฉลองพระองค์ตัวเดียวจนกระทั่งขาด ทรงบังคับให้มหาดเล็กในวังของพระองค์เย็บฉลองพระองค์ตัวนั้นในตอนที่ทรงสวมอยู่ขณะที่บรรทม พระองค์ทรงทรมานจากพระอาการตื่นตกใจอย่างรุนแรงเมื่อทรงได้ยินเสียงฟ้าร้อง โดยทรงประทับแต่ในห้องด้วยหน้าต่างที่ถูกปิดและทรงไม่ต้อนรับผู้ใด[63]

ชีวิตการอภิเษกสมรสของพระองค์ถือเป็นคู่ที่ไม่มีความสุข ได้มีข่าวลือแพร่กระจายว่าเมื่อมีพระชนมายุ 25 พรรษา พระองค์ทรงตกหลุมรักยูจีเนีย ฌูเซ เดอ เมเนเซส หญิงชาวสเปนผู้ติดตามพระมเหสีของพระองค์ เธอได้ตั้งครรภ์และมีการสงสัยว่าพระองค์ทรงเป็นบิดาของบุตรในครรภ์ กรณีนี้ถูกทำให้เงียบและหญิงสาวถูกส่งตัวกลับสเปนที่ได้ให้กำเนิดบุตร เธอได้ให้กำเนิดบุตรสาว ซึ่งไม่มีหลักฐานปรากฏชื่อของเธอ ยูจีเนียดำรงชีวิตอย่างสงบในสำนักชีและพระองค์ให้ความช่วยเหลือทางการเงินแก่เธอเสมอมา นักประวัติศาสตร์ โทเบียส มอนเตย์โรและแพทริค วิลค์เคนได้บันทึกเป็นสัญญาณว่า พระเจ้าฌูเอามีพระบุคลิกไปในทางความสัมพันธ์แบบรักร่วมเพศได้นำมาซึ่งหายนะในชีวิตสมรสของพระองค์ ที่ซึ่งทรงประทับห่างจากพระมเหสีโดยมักทรงปรากฏพระองค์ร่วมกันในงานพระราชพิธีสำคัญ คู่รักของพระองค์ในความสัมพันธ์ครั้งนี้เป็นคนรับใช้คนโปรดของพระองค์ ฟรานซิสโก เดอ เซาซา โลบาโต ผู้ซึ่งตามบันทึกของนักประวัติศาสตร์ โดยปกติเขามักจะมีหน้าที่สำเร็จความใคร่ให้กับเจ้านาย ในขณะที่อาจจะได้รับการปองร้ายทีเดียว บาทหลวงนามว่า มีเกล ได้พบกับฉากนั้นโดยบังเอิญและเป็นผลให้บาทหลวงถูกส่งตัวไปยังแองโกลาแต่ก็ไม่ได้เขียนบันทึกคำให้การก่อนที่จะออกไป โดยไม่คำนึงถึงความเป็นจริงและความไม่ถูกต้องของการเรียกร้อง รูฟิโน เดอ เซาซาได้รับเกียรติยศมากมาย ซ้อนท่ามกลางข้อครหาในที่ปรึกษาของพระมหากษัตริย์ เขาได้เป็นเลขาธิการแห่งคาซา โด อินเฟนตาโด, เลขาธิการสำนักคุณธรรมและอำนวยการ (Mesa de Consciência e Ordens) และเป็นผู้ว่าการป้อมปราการซานตา ครูซ และได้รับพระอิศริยยศชั้น บารอนและหลังจากนั้นเป็นไวส์เคานท์แห่งวิลลา โนวา ดา ไรน์ฮา[62]

ในสภาพแวดล้อมที่ไม่ปลอดภัยและฉุกเฉินของรีโอเดจาเนโรที่ประทับส่วนพระองค์ของพระมหากษัตริย์เป็นอย่างง่าย ๆ ในทางกลับกันกับพระญาติที่แยกตัวโดดเดี่ยวในโปรตุเกส พระองค์ทรงกลายเป็นผู้กระตือรืนร้นทางร่างกายมากขึ้นและมีความสนพระทัยในธรรมชาติ พระองค์ทรงย้ายบ่อย ๆ ระหว่างปาโค เดอ เซา กริสโตบาวและวังอุปราชในเมือง ทรงพำนักบางครั้งที่เกาะปาเควตา, เกาะโกเวอร์นาดอร์ ที่พราเอีย แกรนเดอ(ชายหาดที่นิเตรอย) และที่พระตำหนักหลวงแห่งซานตา ครูซ พระองค์เสด็จออกล่าสัตว์และบรรทมอย่างมีความสุขในเต้นหรือภายใต้ต้นไม้ พระองค์โปรดชนบททั้ง ๆ ที่มีบึงแห่งยุงชุมและแมลงอื่น ๆ และความร้อนในป่าเขตร้อนที่ไหม้เกรียมที่ซึ่งเป็นสภาพที่ชาวโปรตุเกสและชาวต่างชาติส่วนใหญ่เกลียดมาก[64]