ตัวละคร

-ผู้กล้าลิงก์ เด็กชายผู้อาศัยอยู่กับลุงทางใต้ของอาราจักรไฮรูล ซึ่งผู้เล่นจะได้สวมบทบาทเป็นเขาในการเล่น

-เจ้าหญิงเซลด้า ลูกหลานของเหล่านักปราชญ์ทั้งเจ็ดซึ่งถูกจับไว้ในคุกใต้ปราสาทโดยอกานิม พ่อมดร้ายที่วางแผนจะปลดปล่อยกานอน

-ซาฮาส์ราห์ลา ลูกหลานของเหล่าผู้ตีดาบในตำนาน มาสเตอร์ซอร์ด และผู้ชี้แนะลิงก์ระหว่างการผจญภัยเพื่อกอบกู้ไฮรูล

-กานอน ตัวร้ายประจำซี่รีย์ ซึ่งคราวนี้เขาได้ถูกผนึกไว้ในโลกแห่งความมืด

เนื้อเรื่อง

อะลิงก์ทูเดอะแพสต์ จะดำเนินเนื้อเรื่องก่อนหน้าสองภาคแรก: เดอะเลเจนด์ออฟเซลดาและเซลดา II ดิแอดเวนเจอร์ออฟลิงก์ โดยเริ่มต้นจาก เด็กชายคนหนึ่งนามว่าลิงก์ได้ถูกปลุกในยามค่ำคืนผ่านโทรจิตจากเจ้าหญิงเซลด้า ซึ่งได้บอกกับเขาว่าเธอถูกขังอยู่ในคุกใต้ปราสาทไฮรูล หลังจากนั้น ลิงก์ก็ได้พบว่าลุงของเขากำลังเตรียมตัวออกไปสู้กับอะไรสักอย่างข้างนอก แต่ลุงเขาก็บอกให้ลิงก์กลับไปนอน แน่นอนว่าเขาไม่ฟังและแอบติดตามไปถึงทางเดินใต้ปราสาทไฮรูล ซึ่งที่นั่นเขาได้พบกับลุงซึ่งได้รับบาดเจ็บสาหัสอย่างมากและได้ฝากหน้าที่ช่วยเจ้าหญิงเซลด้าไว้กับลิงก์พร้อมทั้งให้ดาบกับโล่มา หลังจากนั้น เขาก็ได้พบกับเจ้าหญิงและช่วยเธอออกมา และพาเธอหนีผ่านทางท่อระบายน้ำทิ้งซึ่งนำไปสู่โบสถ์วิหารของอาณาจักรไฮรูล

ลิงก์ได้รับคำบอกกล่าวจากชายในโบสถ์ว่า อกานิม พ่อมดร้ายซึ่งได้ยึดปราสาทไว้อยู่นั้น ได้วางแผนที่จะทำลายผนึกของนักปราชญ์ทั้งเจ็ดที่กักขังกาน่อน จอมมารผู้ชั่วช้าให้พังทลายลง ซึ่งอยู่ในโลกอีกโลกที่เคยมีนามว่าดินแดนศักดิ์สิทธิ์ แต่ได้ถูกกาน่อนใช้ไทรฟอร์ซเปลี่ยนมันให้กลายเป็นดินแดนแห่งความมืด โดยที่อกานิมจะส่งลูกหลานของเหล่านักปราชญ์ทั้งเจ็ดไปที่โลกแห่งความมืดเพื่อทำลายผนึก ทางเดียวที่จะจัดการกับอกานิมได้คือต้องใช้ดาบมาสเตอร์ซอร์ด ดาบที่ถูกตีขึ้นมาเพื่อปราบปีศาจร้ายให้สิ้นซาก การที่ลิงก์จะพิสูจน์ว่า เขาเหมาะสมที่จะเป็นผู้กวัดแกว่งดาบเล่มนี้หรือไม่นั้น เขาจะต้องมีตุ้มหูเวทมนตร์ทั้งสาม ซึ่งซ่อนอยู่ในสถานที่ที่มีผู้พิทักษ์คอยเฝ้าอยู่ (ในระหว่างการหาลูกตุ้มคู่แรก เขาได้รู้จักกับผู้เฒ่าซาฮาส์ราห์ลา ซึ่งได้กลายมาเป็นผู้ชี้แนะลิงก์ในการผจญภัยทั้งให้คำใบ้คำแนะนำในการเดินทางอีกด้วย) หลังจากที่ได้ลูกตุ้มเวทมนตร์จนครบแล้ว ลิงก์ก็ได้เดินทางสู่สถานที่ที่ซึ่งดาบมาสเตอร์ซอร์ดหลับไหลอยู่ ทันใดเมื่อเขาดึงดาบออกมา เจ้าหญิงเซลด้าก็ได้ติดต่อเขาผ่านทางโทรจิตว่า เหล่าทหารได้มาถึงโบสถ์ที่เธอซ่อนตัวแล้ว ลิงก์รีบไปที่โบสถ์แต่กลับพบชายซึ่งบาดเจ็บเจียนตาย เขาบอกว่าเจ้าหญิงได้ถูกจับไปที่ปราสาทไฮรูล ถึงแม้ว่าลิงก์จะรีบตามไปช่วย แต่เธอก็ได้ถูกอกานิมส่งไปที่โลกแห่งความมืดเสียแล้ว ลิงก์ได้เข้าประจันหน้ากับอกานิมและจัดการเขาได้ แต่อกานิมก็ส่งลิงก์ไปสู่โลกแห่งความมืดได้ในที่สุด

ทางเดียวที่จะช่วยไฮรูล ลิงก์ต้องปลดปล่อยลูกหลานเหล่านักปราชญ์ทั้งเจ็ดทั้งเจ็ดคนที่กระจัดกระจายตามส่วนต่างๆของโลกแห่งความมืด เมื่อพวกเธอทั้งเจ็ดรวมพลังทำลายม่านพลังรอบหอคอยกานอน ลิงก์จะเข้าไปเผชิญหน้ากับอกานิมอีกครั้ง โดยคราวนี้จะมาพร้อมกับร่างปลอมอีกสองร่างที่ทรงพลังพอๆกับร่างจริง เมื่อลิงก์สามารถจัดการได้แล้ว จะพบว่ากานอนได้ปรากฏออกมาจากร่างอกานิมและแปลงร่างเป็นค้างคาวบินหนีไปที่พีระมิดแห่งอำนาจ ลิงก์ตามไปถึงที่นั่นและได้เริ่มศึกครั้งสุดท้ายกับกานอน ศึกครั้งนี้จบลงด้วยการตายของปีศาจกานอน ลิงก์เอามือไปสัมผัสไทรฟอร์ซและขอพรให้โลกทั้งสองกลับไปสู่ปกติสุขเหมือนเดิม