เนบิวลาปูอยู่ห่างจากสุริยวิถี 1½ ° ซึ่งเป็นระนาบของวงโคจรของโลกรอบดวงอาทิตย์ ซึ่งหมายความว่า ดวงจันทร์ และโลกในบางครั้ง สามารถเคลื่อนผ่านหรือบดบังเนบิวลาได้ และถึงแม้ว่าดวงอาทิตย์จะไม่เคลื่อนผ่านเนบิวลา แต่ชั้นโคโรน่าของดวงอาทิตย์ได้ผ่านด้านหน้าเนบิวลา การเคลื่อนผ่านและการผ่านหน้าสามารถใช้วิเคราะห์ทั้งเนบิวลาและวัตถุที่ผ่านหน้ามันได้ โดยการสังเกตลักษณะการเปลี่ยนแปลงของรังสีจากเนบิวลาที่เกิดขึ้นจากวัตถุที่เคลื่อนผ่าน

การเคลื่อนตัวผ่านของดวงจันทร์ได้ถูกใช้เพื่อทำแผนที่การปลดปล่อยรังสีเอกซ์จากเนบิวลา ก่อนหน้าการส่งดาวเทียมสังเกตรังสีเอกซ์ขึ้นสู่อวกาศ อย่างเช่น กล้องโทรทรรศน์อวกาศจันทรา การสังเกตรังสีเอกซ์ค่อนข้างจะมีความละเอียดเชิงมุมต่ำ แต่เมื่อดวงจันทร์ผ่านหน้าเนบิวลา ตำแหน่งของมันค่อนข้างจะเป็นที่รู้กันอย่างแม่นยำ ดังนั้น จึงสามารถใช้ความแปรผันของความสว่างของเนบิวลาในการสร้างแผนที่การปลดปล่อยรังสีเอกซ์[32] เมื่อรังสีเอกซ์ถูกค้นพบครั้งแรกในเนบิวลาปู จึงมีการใช้การผ่านหน้าของดวงจันทร์เพื่อระบุตำแหน่งที่แม่นยำของแหล่งรังสีนั้น[22]

โคโรน่าของดวงอาทิตย์ผ่านหน้าเนบิวลาปูทุกเดือนมิถุนายน ความแปรผันของคลื่นวิทยุที่ได้รับจากเนบิวลาปูในช่วงเวลาดัวงกล่าวสามารถใช้เพื่ออนุมานรายละเอียดของความหนาแน่นและโครงสร้างของโคโรน่า การสังเกตในช่วงแรก ๆ ได้แสดงให้เห็นว่าชั้นโคโรน่าได้ขยายออกไปเป็นระยะทางไกลเกินกว่าที่คาดกันไว้ก่อน การสังเกตในภายหลังค้นพบว่าชั้นโคโรน่ามีความหนาแน่นไม่สม่ำเสมอกัน[33]

ในโอกาสที่จะพบน้อยครั้ง ดาวเสาร์ก็เคลื่อนผ่านเนบิวลาปูเช่นกัน การเคลื่อนผ่านใน พ.ศ. 2546 นับเป็นการเคลื่อนผ่านครั้งแรกนับจาก พ.ศ. 1839 และจะไม่มีการเคลื่อนผ่านอีกจนกระทั่ง พ.ศ. 1810 นักสังเกตได้ใช้กล้องโทรทรรศน์อวกาศจันทราในการสังเกตดาวบริวารของดาวเสาร์ ไททัน เมื่อมันผ่านเนบิวลา และค้นพบว่า 'เงา' รังสีเอกซ์ของไททันมีขนาดใหญ่กว่าพื้นผิวที่เป็นของแข็งของมัน เนื่องจากการดูดซึมรังสีเอกซ์ในชั้นบรรยากาศ การสังเกตเหล่านี้แสดงให้เห็นถึงความหนาของชั้นบรรยากาศของไททันที่ 880 กิโลเมตร[34] การเคลื่อนผ่านของดาวเสาร์ไม่สามารถสังเกตได้โดยตรง เนื่องจากกล้องจันทรากำลังผ่านเข็มขัดแวน อัลเลนในเวลานั้น