เพื่อรักษาสันติภาพระหว่างกัสติยากับเลออน เบเรงเกลาอภิเษกสมรสกับพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 9 แห่งเลออน ลูกพี่ลูกน้องลำดับที่หนึ่งที่อยู่ห่างกันหนึ่งขั้น ในบายาโดลิดในปี ค.ศ. 1197[12] ตามธรรมเนียมปฏิบัติแบบสเปนในเวลานั้น พระองค์ได้ควบคุมปราสาทและที่ดินจำนวนหนึ่งในเลออนโดยตรง[12] ซึ่งส่วนใหญ่แล้วตั้งอยู่ตามแนวชายแดนที่ติดกันกัสติยา

ในปี ค.ศ. 1198 พระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 3 เริ่มไม่ยอมรับการแต่งงานด้วยเหตุผลว่าเป็นการร่วมประเวณีกับระหว่างญาติใกล้ชืด สองสามีภรรยาอยู่ด้วยกันจนถึงปี ค.ศ. 1204[13] แล้วจึงขวนขวายขอการผ่อนผันเพื่อที่จะได้อยู่ด้วยกัน หนึ่งในนั้นการเสนอเงินก้อนโตให้[14] ทว่าพระสันตะปาปาปฏิเสธคำร้องขอนั้น แม้ทั้งคู่จะทำให้พระโอรสธิดาที่มีด้วยกันได้รับการยอมรับว่าเป็นพระโอรสธิดาตามกฎหมายได้[15] แต่การแต่งงานก็จบลง เบเรงเกลากลับกัสติยาไปหาพระบิดามารดาในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1204 และทรงอุทิศตนให้กับการดูแลพระโอรสธิดา[15]