เพนกวินจักรพรรดิ (อังกฤษ: Emperor Penguin) เป็นเพนกวินที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในบรรดาสปีชีส์ต่างๆ ที่มีถิ่นฐานอยู่ในทวีปแอนตาร์กติกา ตัวผู้และตัวเมียมีสีขนและขนาดใกล้เคียงกัน สูงราว 122 ซม. (48 นิ้ว) และหนักระหว่าง 22–37 กิโลกรัม (48–82 ปอนด์) ขนด้านหลังสีดำตัดกันกับขนด้านหน้าตรงบริเวณท้องที่มีสีขาว อกตอนบนสีเหลืองอ่อนและค่อยๆ ไล่ลงมาจนเป็นสีขาว และบริเวณหูเป็นสีเหลืองจัด เพนกวินจักรพรรดิก็เป็นเช่นเดียวกันกับเพนกวินชนิดอื่นที่เป็นนกที่บินไม่ได้ แต่มีรูปร่างที่เพรียวและปีกที่ลู่ตามตัวแต่แข็งแบนเหมือนครีบที่เหมาะกับการเป็นสัตว์น้ำมากกว่าที่จะเป็นนกอาหารที่บริโภคส่วนใหญ่เป็นปลา และรวมทั้งสัตว์ประเภทกุ้ง-กั้ง-ปู (crustacean) เช่น ตัวเคย และ สัตว์ประเภทเซฟาโลพอดเช่นปลาหมึก เมื่อดำน้ำหาอาหารเพนกวินจักรพรรดิสามารถอยู่ใต้น้ำได้นานถึง 18 นาที และสามารถดำน้ำได้ลึกถึง 535 เมตรเนื่องจากลักษณะหลายอย่างที่ช่วยในการอยู่ใต้น้ำได้นานเช่นโครงสร้างของฮีโมโกลบินที่ทำให้มีชีวิตอยู่ได้ในบรรยากาศที่มีระดับออกซิเจนต่ำ โครงกระดูกที่แน่นที่ช่วยต้านความกดดันสูง (barotrauma) และความสามารถในการลดการเผาผลาญของร่างกาย (กระบวนการสร้างและสลาย) และการปิดการทำงานอวัยวะที่ไม่จำเป็นได้เพนกวินจักรพรรดิมีชื่อเสียงเป็นที่รู้จักกันดีจากการเดินทางราว 50 ถึง 120 กิโลเมตรจากฝั่งทะเลไปยังบริเวณที่ทำการผสมพันธุ์ทุกปีเพื่อที่จะไปหาคู่ ผสมพันธุ์ กกและฟักไข่ และเลี้ยงลูกนกที่เกิดใหม่ และเป็นเพนกวินชนิดเดียวที่ผสมพันธุ์ระหว่างฤดูหนาวแบบอาร์กติก แหล่งผสมพันธุ์อาจจะเป็นบริเวณกว้างใหญ่ที่มีเพนกวินอาศัยอยู่ด้วยกันเป็นพันๆตัว ตัวเมียจะออกไข่ฟองเดียวทิ้งไว้ให้ตัวผู้ยืนกกระหว่างขาเป็นเวลาสองเดือนขณะที่ตัวเองเดินกลับไปทะเลเพื่อไปหาอาหารให้ตัวเองและนำกลับมาให้ลูกที่เกิดใหม่ เมื่อกลับมาทั้งพ่อและแม่ก็จะสลับกันเลี้ยงลูก อายุเฉลี่ยของเพนกวินจักรพรรดิราว 20 ปีและบางตัวอาจจะถึง 50 ปีก็ได้